药用植物分子鉴定详解演示文稿.pptVIP

SNP的优点 数量多，分布广泛，检测快速、易于实现自动化，遗传稳定性高。 SNP的缺点 成本高，错误信号多。 本文档共94页；当前第60页；编辑于星期三\16点47分 SNP标记的应用 种群生物学特征、遗传性疾病检测、疾病关联分析及特定功能基因或片段的分型等研究，在基因组作图和数量性状定位等方面也有越来越多的应用。 本文档共94页；当前第61页；编辑于星期三\16点47分 第三节　药用植物的分子鉴定流程（实例） 本文档共94页；当前第62页；编辑于星期三\16点47分 DNA测序法（DNA Sequencing） 目前用于DNA测序的基因主要有： 1.有叶绿体基因组的rbcL、matK； 2.核基因组的rRNA、ITS等(植物类)； 3.线粒体基因组的cty-b(动物类)。 本文档共94页；当前第63页；编辑于星期三\16点47分 rbcL：基因分辨率高，变异较均一分布，进化速率差异大，一般用于科级以上分类群研究。 matK：位于trnK基因的内含子中，长约1500碱基，编码成熟酶并参与RNA转录体中Ⅱ型内含子的剪切，是叶绿体基因组蛋白编码基因中进化速率最快的基因之一，变异较均一，一般用于种一级分类群亲缘关系研究。 本文档共94页；当前第64页；编辑于星期三\16点47分 rRNA是编码核糖体DNA的基因，在植物中以重复连续排列方式存在，包含进化速率不等的编码区、非编码转录区和转录区，可选择较保守的片断如18S、5S的rRNA进行各种亲缘关系研究。 本文档共94页；当前第65页；编辑于星期三\16点47分 　　1. 串联重复序列，拷贝可达500~40000；不同ITS拷贝间的序列趋于相近或完全一致 。 核核糖体内转录间隔区 Nuclear ribosome internal transcribe spacer, ITS 本文档共94页；当前第66页；编辑于星期三\16点47分 　　2. 序列短，具有长度保守性 (ITS1:187-298bp，ITS2:187-252bp) 核核糖体内转录间隔区 Nuclear ribosome internal transcribe spacer, ITS 本文档共94页；当前第67页；编辑于星期三\16点47分 　　3. 核苷酸序列的高度变异性 (每个区成对序列趋异百分率在4~10%) 　　4. 两侧都有高度保守的序列 本文档共94页；当前第68页；编辑于星期三\16点47分 第二节　常用的分子标记 本文档共94页；当前第28页；编辑于星期三\16点47分 1. 限制性片段长度多态性（RFLP） RFLP原理： 基因组DNA经限制酶切，可产生大量长短不一的片段。通过电泳可以将这些片段分离开。片段长的迁移速度慢，短的迁移速度快。 如果一对等位基因（序列）的限制酶切片段长度不同，则称为RFLP。以标有放射性同位素或化学标记物质、来自特定基因座的DNA片段为探针，可以检验该座位是否存在多态性。 本文档共94页；当前第29页；编辑于星期三\16点47分 RFLP原理示意图 左边：等位序列酶切电泳的结果 右边：用探针检验的结果。 本文档共94页；当前第30页；编辑于星期三\16点47分 1.1 产生RFLP的原因 点突变：单个碱基的改变（转换或颠换），造成失去某个酶切位点或产生一个新的酶切位点，使突变型酶切片段变长或变短。 插入突变：使突变型酶切片段变长。 缺失突变：使突变型酶切片段变短。 本文档共94页；当前第31页；编辑于星期三\16点47分 1.2 RFLP的检测方法 酶切 ? 电泳 ? Southern杂交 ? 放射自显影 本文档共94页；当前第32页；编辑于星期三\16点47分 结核分枝杆菌基因组RFLP图谱 本文档共94页；当前第33页；编辑于星期三\16点47分 RFLP的优点 标记广泛存在于生物体内，不受组织、环境和发育阶段的影响。 RFLP 标记的等位基因是共显性的，不受杂交的影响，可区分纯合基因与杂合基因。 可产生的标记数目很多，可覆盖整个基因组。 本文档共94页；当前第34页；编辑于星期三\16点47分 RFLP的缺点 标记技术需要酶切，对DNA 质量要求高； RFLP 的多态性程度偏低； 分子杂交时会用到放射性同位素，对人体和环境都有害； 探针的制备、保存和发放也很不方便； 分析程序复杂、技术难度大、费时、成本高。 本文档共94页；当前第35页；编辑于星期三\16点47分 1.3 RFLP的应用 1.遗传学图的构建 结合RFLP连锁图，任何能用RFLP探针检测出的基因及其DNA片段都可以通过回交，快速有效地进行转移。 2.基因定位 利用RFLP技术能够准确地标记定位种质中的目标基因，结合杂交，回交及组织培养等技术就可以快速有效的将所需目标基