SELEX-Seq技术绘制转录因子DNA结合谱的方法学研究的中期报告.docxVIP

SELEX-Seq技术绘制转录因子DNA结合谱的方法学研究的中期报告 SELEX-Seq是一种能够绘制转录因子（TF）DNA结合谱的高通量实验技术。该技术结合SEQ技术，能够在全基因组水平上精确地鉴定TF与DNA序列的相互作用关系。本中期报告主要介绍了正在进行的SELEX-Seq技术方法学研究进展。 1. 样品制备 我们已经完成了大量不同来源的细胞系和组织的细胞裂解和核提取，并使用等体积的BUF（同等缓冲液）预处理。然后进行蛋白质-DNA随机复合反应，使用PCR扩增并逐字的测序，得到大量不同的DS1序列。这些序列代表了TF与DNA结合位点的丰富性和多样性。 2. 数据质控和分析 我们将根据DS1序列质控和处理，将序列对齐到基因组上，并进行motif类别的分析。我们使用了multiMEME和de novo MEME算法，对数据进行分析。此外，我们还准备了一个参考基因组上的真实谱。 3. 分析结果 我们将对motif类别的频率进行比较，并利用真实TF-DNA相互作用的谱，进行谱和位点的鉴定。鉴定结果将被用来验证该技术的鉴定能力和适用性。 4. 展望 我们计划在此基础上继续探索其它方法的优化，如增加重复性、减少背景噪声等。此外，我们将借助现有的基因编辑技术，用SELEX-Seq技术绘制TF与基因组DNA的结合谱，进一步研究基因调控的机制和功能。