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中国水仙 FOMT2 基因及启动子的克隆与分析
摘要:
中国水仙是重要的观赏花卉之一。本研究利用 PCR 和 RACE 技术,成功克隆了中国水仙的 FOMT2 基因和启动子。通过生物信息学分析,发现 FOMT2 具有较高的保守性,启动子区域存在多个保守的转录因子结合位点。进一步的表达分析表明,在中国水仙的花中 FOMT2 基因在雌蕊和花瓣中高表达,而在雄蕊和花萼中低表达。本研究对中国水仙的基因克隆和启动子分析提供了理论基础,为深入探究中国水仙的花色和香气形成机制提供了参考。
关键词:中国水仙;FOMT2 基因;启动子;表达分析;生物信息学
Abstract:
Narcissus tazetta var. chinensis is an important ornamental flower. In this study, the FOMT2 gene and promoter of Chinese narcissus were successfully cloned using PCR and RACE techniques. By bioinformatics analysis, it was found that FOMT2 had a high degree of conservation, and the promoter region contained multiple conserved transcription factor binding sites. Further expression analysis showed that FOMT2
was highly expressed in the pistil and petal of Chinese narcissus flowers, while it was lowly expressed in the stamen and sepals. This study provides a theoretical basis for gene cloning and promoter analysis of Chinese narcissus, and provides reference for further exploration of the mechanisms of flower color and aroma formation in Chinese narcissus.
Keywords: Chinese narcissus; FOMT2 gene; promoter; expression analysis; bioinformatics
引言
中国水仙(Narcissus tazetta var. chinensis)是一种地被植物,属于石蒜科(Amaryllidaceae)。其花期长,花色丰富,芬香浓郁,是重要的观赏花卉之一。研究表明,中国水仙的花色和香气与其化学成分密切相关。目前,已有关于中国水仙花色和香气化学成分的研究,但有关其基
因调控机制的研究较为有限。因此,探究中国水仙基因调控机制对深入了解其花色和香气形成机制具有重要意义。
FOMT2 基因是一种 O-甲基转移酶基因,可以催化酚类化合物的甲基化反应,其在植物中参与花色和香气的合成过程[1]。因此,本研究选取了 FOMT2 基因作为研究对象,克隆其序列并分析其在中国水仙花中的表达模式。同时,通过克隆中国水仙 FOMT2 启动子序列,对其进行生物信息学分析,探究调控该基因表达的可能机制。
材料与方法
植物材料
中国水仙花材料采自配有丰富中国水仙的花卉园。花期约在 3 月下
旬至 4 月下旬。雄花和雌花分别收集自开花 3 天以内的花朵。雄蕊、花瓣和花萼分别切成小块后,置于-80℃超低温冰箱保存。
RNA 提取、cDNA 合成和克隆
从中国水仙雌蕊、花瓣、花萼等组织中提取总 RNA,使用 PrimeScript RT Reagent Kit 进行 cDNA 合成。利用 PCR 技术克隆 FOMT2基因和启动子序列,PCR 产品接入 pGEM-T Easy 载体进行转化,经菌落 PCR 和酶切鉴定后,进行测序。
生物信息学分析
FOMT2 基因氨基酸序列和启动子序列利用 BLAST 软件对比分析,找出其与其他物种的同源序列。生信分析工具 Jaspar 和 PlantCARE 软件用于预测启动子区域的转录因子结合位点。
实时荧光定量 PCR
使用 FOMT2 基因克隆的特异引物,在 qRT-PCR 分析中检测中国水仙不同组织中 FOMT2 基因的表达水平。数据统计并进行 t 检验,用 SPSS19.0 统计学软件进行分析。
结果
FOMT2 基因和启动子克隆
通过 PCR 和 RACE
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