应用ABEEMσπMM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量的中期报告.docxVIP

应用ABEEMσπMM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量的中期报告 ABEEMσπMM方法是一种基于经验的分子力学方法，可用于计算小分子肽和二肽分子的不同构象的总能量。该方法使用已知分子结构的能量参数，并基于分子的电荷密度分布来计算分子的相互作用。此方法采用了两层做法：σ-π电荷分布和Chemical Hardness Representation。 在中期报告中，我们运用ABEEMσπMM方法对一系列小分子肽和二肽分子进行了模拟计算，并比较了不同构象的总能量。我们使用的小分子肽包括甘氨酸、天冬氨酸、异亮氨酸、苏氨酸、丙氨酸、亮氨酸和丝氨酸。 对于二肽分子，我们选择了甘氨酰丝氨酸、甘氨酰天冬氨酸、异亮氨酰亮氨酸和甘氨酰亮氨酸。 我们先确定了每个分子的结构和电荷密度分布，并进行了参数的调整。随后，我们使用ABEEMσπMM方法计算了每个分子的总能量，并进行了不同构象之间的比较。我们的计算结果表明，不同构象之间的能量差异较小，但还是有一定差异，这可能与分子间作用力的不同有关。 在下一阶段的研究中，我们计划进一步优化参数，并将比较其他小分子肽和二肽分子的不同构象的总能量。我们还将探索ABEEMσπMM方法在分析大分子和生物分子方面的应用，以期能够更深入地了解分子的能量和结构。