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第五章 分子系统发育分析 口 5.1 分子进化的基本概念 口 5.2 分子进化模型与序列分歧度计算 口 5.3 分子系统树的构建 口 5.4 分子系统树的检验 口 5.5 分子系统发育分析软件及应用 1 2 5.1 分子进化的基本概念 口 系统发生(phylogeny) ——是指生物形成 或进化的历史 口 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之 间的进化关系 口 系统发生树(phylogenetic tree) ——表示形 式，描述物种之间进化关系 3 5.1 分子进化的基本概念 口 同源性与相似性 口关于现代人起源的研究: 线粒体DNA ——所有现代人都是一个非洲女性的后代 4 分类单元 (物种或序列) 物种之间的进化关系 有根树与无根树 5 D D A B C D D D 6 有根树的数目 A B C A C 无根树的数目 B B Number of Taxa Number of unrooted trees Number of rooted trees 3 1 3 4 3 15 5 15 105 6 105 945 7 945 10395 8 10395 135135 9 135135 2027025 10 2027025 34