生物信息学课程复习题(南医大) .pdfVIP

⽣物信息学课程复习题（南医⼤） ⽣物信息学课程习题 第⼀章绪论 ⼀、填空 1、在年，美国国会批准启动⼈类基因组计划，拟⽤年时间测定⼈类全部条染⾊体上共个碱基序列的测定。 2、是遗传信息的携带者。 3、蛋⽩质三维结构测定主要⽅法有和。 4、理想的抗⽣素靶标应为微⽣物细胞所必须，在病原体中⾼度，且在⼈体中或与⼈类基因有。 5、下图例举了⼀个计算机辅助药物设计的实例，从a图中我们得到了配体上R基团附近的受体上有和残基，具有性，因此可以 将R基团设计为性基团，如图b中所⽰的基团，使得抑制活性⽐改造前提⾼了近5000倍。 ⼆、名词 HGP （human genome project），EST （expressed sequence tag）, SNP （single nucleotide polymorphism）,⽣物信息学 （Bioinformatics），药物基因组学（Pharmacogenomics），intron，“Junk DNA”，⽐较基因组学，蛋⽩质组学，分⼦进化树 （evolutionary tree），基因组，基因组药物 三、简答 1、简述⽣物信息学在药物研究开发领域的应⽤可体现在哪些⽅⾯？ 2、如何利⽤基因组信息寻找新的药物作⽤靶标？ 3、如何利⽤⼈类基因组信息实现个性化治疗，其基于的原理是什么？ 4、试叙述基因芯⽚⽤于疾病诊断的原理，并说明其优缺点。 5、最近甲型流感流⾏，请设计甲型流感的分⼦诊断⽅法，说明其原理。 第⼆、三章数据库 ⼀、单选题 1、以下数据库不能⽤于检索核酸序列的是（ B ） A. GenBank B. PDB C. EMBL D.DDBJ 2、蛋⽩质结构数据常保存为下⾯哪⼀种格式为后缀的⽂件（） A. PDB B. txt C. Seq D. mdb 3、下列格式属于FASTA格式的是（） A. seq1 B. C. ATGCCATA D. ATGCCATA ATGCCATA ATGCCATA ⼆、填空题 1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义： LOCUS是，DEFINITION是，ACCESSION是，VERSION是，SOURCE是 在论⽂中使⽤了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填。 2、阅读以下Prosite中结构基序的⽰例，说明其中各符号含义： －连字符⽤来。 [ ] 每个⽅括号中的残基代表序列基序中某⼀特殊位置的残基。 { } ⼤括号中的符号代表序列基序中特定位置的残基。 X 表⽰。 (n) 代表某特定残基的。 3、下⾯是NCBI中SARS病毒的基因组，请根据以下图说明SARS基因组有个基因，编码个蛋⽩。 4、检索蛋⽩质序列可使⽤哪个数据库，试举两例、。 5、检索蛋⽩质结构常使⽤数据库。 6、根据以下检索结果说明该蛋⽩质结构在PDB数据库中的编号为，其结构测定⽅法为。 三、名词 ⼀级数据库，⼆级数据库，Genbank，UniGene，PDB，MMDB格式，EMBL，NCBI，结构浏览器，Rasmal，swiss- pdbviewer，Swiss-model，Prints数据库，Prosite数据库，BankIt，Cn3D，PIR数据库，SCOP数据库，CATH数据库 第四章⽣物信息检索 ⼀、填空题 1、请例举两个常⽤的搜索引擎、。 2、如果要搜索⼀个词组，如把⼈类基因组作为⼀个词组，搜索相关信息，应在搜索引擎的搜索栏中填⼊。 3、写出以下pubmed检索时常⽤的限制字段的含义：[au] [ti] 、[dp] 、[affiliation] 、* ⼆、名词 Pubmed，Espacenet，USPTO 第五章序列⽐对 ⼀、选择题 1、进⾏多序列⽐对常使⽤哪种软件( ) A. Dock B. Compute pI/MW C. Clustal D. Rasmol 2、对于远源蛋⽩质序列，在进⾏多序列⽐对的时候应选⽤下⾯哪⼀种矩阵（） A. BLOSUM62 B. BLOSUM30 C.PAM100 D. 结合基序打分矩阵 ⼆、填空题 1. 要搜索⼀段基因序列的同源基因序列，常使⽤。 2、下图⽰意的序列⽐对⽅法为 3、Needleman和Wunsch在1970年提出⼀种⽐对算法，算法实现主要分三步：⾸先求出⼀定积分系统下的，其次求出，最后 寻找两个序列的，获得最佳⽐对形式。 三、名词 aligment，多重序列⽐对，Clustal，Blast，gap，局部⽐对，序列⽐对的E值，PAM矩阵，BLOSUM 矩阵，两条序列的 identities，动态规划算法(dynamic programming algor