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基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取研究的中期报告
本研究的目标是确定基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因,为肿瘤分类和治疗提供指导。该研究分为三个阶段:数据预处理、基因筛选和功能分析。
数据预处理阶段。首先,我们收集了多个公共基因表达谱数据集,并进行预处理,包括数据的标准化、平滑化和归一化。然后,我们将这些数据整合在一起,形成一个大的基因表达谱数据集。
基因筛选阶段。在筛选基因方面,我们使用了差异表达分析、机器学习和网络分析等多种方法。我们首先使用差异表达分析方法,比较不同类型肿瘤的基因表达谱。然后,我们将差异表达的基因作为备选基因,在这些基因中筛选出具有代表性的基因。我们使用机器学习方法,如支持向量机和随机森林,对备选基因进行进一步筛选。最后,我们使用网络分析方法,构建基因调控网络,并从这个网络中筛选出具有重要作用的基因。
功能分析阶段。在确定终选的基因后,我们对这些基因进行生物学功能分析。我们使用了富集分析、Pathway分析和基因本体分析等方法,探索这些基因在生物学过程和通路中的作用。
我们目前的工作是对筛选出来的基因进行生物实验验证,以进一步确定这些基因在肿瘤分类和治疗中的作用。
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