蛋白质分析和蛋白质组学.pptVIP

* 一篇论文的例子。（功能预测） * * 如果把人血清蛋白作为重复肽段中数目少，长度长的代表，则胶原蛋白就是重复肽段短而多的典型。 72个氨基酸组成的绿豆胰蛋白酶抑制剂和58个氨基酸组成的铁氧化原蛋白都可以分成两个结构域 有的蛋白质中某一个氨基酸多次重复，如亨廷顿蛋白 * 在重复序列中，有一些氨基酸残基是基本不变的。为了讨论方便，我们对其余可变的残基不予考虑，仅将那些不变的抽取出来，并称之为模体。模体还有的翻译为“基序”。关于module，domain，motif的简介。 * 一级结构：肽链中氨基酸残基的排列顺序 * Lipocalin：视黄醇结合蛋白（RBP4）是一个小的、大量分泌的蛋白质，能结合血液中的视黄醇，也就是维生素A，（胡萝卜是个好东西），强疏水性。 RBP4帮助转运维生素A到到眼睛为视觉系统所用。多个物种中可以找到和RBP4同源的蛋白质，人类也有很多和它有同源性的小配体结合蛋白，组成了一个我们称之为Lipocalin蛋白质家族。 * 某些氨基酸残基可以在一些酶的催化下被修饰。这些被修饰的氨基酸残基附近的残基序列是特定的，也就是说只有在特定模体中氨基酸残基才能被修饰。 * P环结构 * 半胱氨酸是一个很有个性的氨基酸，除了可以形成二硫键外，还有和金属形成配位键的能力。因此，在一些蛋白质中。。。。。。，比如在锌指模体（转录因子）当中 * 载脂蛋白超家族的成员早期几乎都是来自于哺乳动物。后来，依据序列上和立体结构上的模体，在其他物种内也找到了这个家族的其他蛋白质，接着在植物中也发现了他们的亲属。 * 免疫球蛋白肽链测定后，发现轻链中有两个序列相似的肽段，约110个氨基酸组成。在重链中有4个这样的肽段，序列与轻链中的两个也很相似。根据这些重复的肽段，Edelman认为免疫球蛋白的轻链和重链可以被分成若干域/结构域（domain） 后来发现，许多肽链中都存在类似情况，肽链越长，出现多个结构域的可能性就越大。最大的肌巨蛋白由34，350氨基酸组成，含有纤连蛋白3型结构域132个，免疫球蛋白结构域152个（结构域的名称）。 * 对大多数纤维状的蛋白质而言，他们的立体结构是很单调的，或是折叠链，或是螺旋。但是，球状蛋白质的立体结构极为复杂。在早期的蛋白质晶体用X射线衍射分析时，人们已经注意到肽链在空间上可以分成几个独立的部分。比如，溶菌酶的立体结构可以分成两瓣儿，其中有一段肽段连接着这两半儿，以至于两者之间可以做相对的运动，同时也使他们中间存在一定的裂隙，可以为溶剂和其他小分子进出，这样的结构对于蛋白质执行其功能是非常必要的。 免疫球蛋白的一级结构的轻链和重链中有一些相似的重复序列。这些重复序列，在结构上也能折叠成蛋白质分子中几个相对独立的区域。一些序列相似的肽段常具有相似的折叠模式，最后形成相似的结构。 除了从解剖的角度注意到球状蛋白可以拆分成几个区域之外，从蛋白质折叠的角度，我们也发现一条长的肽链可以先有部分二级结构折叠成局部的、具有三级结构的区域，而后几个区域通过一定长度的肽段相连，成为一个完整的蛋白质的立体结构。 很多实验指出，连接结构域间的肽段被蛋白水解酶酶解断裂以后，彼此可以分离成独立的实体，即稳定的结构域。这是非结构域的肽段不具备的性质。 由于分子生物学的飞速发展，最近的大量实验结果显示，（幻灯）。比如，免疫球蛋白G重链的4个重复肽段就由4个不同的外显子分别编码。为此，对结构域的理解又深入一层，即结构域与基因之间有内在的联系。 * 已发现，数百个小GTP结合蛋白都拥有一个相同的结构域。这样一来，如果发现一个蛋白质具有此结构域，可以判断它的功能可能是与GTP结合。 * 最大的肌巨蛋白由34，350氨基酸组成，含有纤连蛋白3型结构域132个，免疫球蛋白结构域152个（结构域的名称）。外显子。 为了直观，举一些具体的例子。 * 蛋白质可以通过多种方式共享一个结构域。对第二种情况，可以只充当整个蛋白质序列的一个亚基。与甲基化的DNA结合的转录因子家族就是一个例子。对第三种情况，一个结构域在同源蛋白质中可能出现任意次。 * 一个例子就是有6个蛋白质拥有同一个结构域，这个结构域使这6个蛋白都具有结合甲基化的DNA的能力，但这6个蛋白质中的同一个结构域分别位于序列的不同区域上。甲基—CpG-结合蛋白2(Mecp2)就是这6个蛋白质中的一个。它是一个转录抑制因子，可以结合在很多基因的上游调控区(MECP2基因的突变会导致Rett综合征或女孩的神经逻辑错乱，它还是女性智力障碍的几个常见原因之一)。 * 我们可以用Blastp软件搜索与Mecp2蛋白有显著相似性的序列，这可以揭示序列中哪一段是保守的结构域。图1-3 (a)所示的是BLAST软件的格式化参数输人页面中的一部分，从中可以看出甲基CpG-结合结构域(MBD)在多个蛋白质