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Debug指令实验报告 开场背景： 在开始之前，我们先出个小考题，有一个外院转来的病人，检出了下图的2个变异： 图1 检出的2个变异 假设您是上级医院产前诊断中心的医生，拿到这样一份报告，该怎么解释这两个变异？ 这个场景是我们很多产前诊断中心医生的日常：辖区下属单位完成筛查，初步做基因诊断，高危的孕妇转诊至上级医院产诊中心。此时，基因诊断报告已经做完，孕妇即将生产，更不来不及重新测序分析，我们的医生拿到的就只有一张基因诊断报告单，就要开始做产前诊断。 问题出现： 这个案例我们检出了两个可能致病性的变异: 一个无义突变COG5 c.403CT; 另一个构成复合杂合的COG5 c.2324CT， 两个变异的AGMG分级均被打到了可能致病性。这是个阳性报告，理论上需要对孕妇有明确的提示以及做下一步的准备。 由于产前诊断报告的严谨性，当我们产前诊断的医生拿到这个报告之后，第一时间开始了复查工作，立刻用VarSome做了个初步的分级，结果我们发现了一个严重的问题：NM_001161520 c.403CT应该是一个同义突变： 图2 COG5 c.403CT同义突变 勘误过程 假设是单个核苷酸变异的同义突变写成无义突变，在产前诊断报告中出现这种情况是非常危险、且不应该的。为了找到原因，我们开始了勘误工作。 假设：由于转录本的问题导致了403号编码核苷酸上有其他的转录本，对应的是无义突变呀？ 求证： 在VarSome输入COG5 NM_001161520 c.403CT，点击转录本窗口 查看其他的转录本，发现RefSeq中提示，在当前位置，无论用哪个转录本，编码蛋白质的转录本对应的都是无义突变啊。难不成公司采用了最新的科研结果，认为无义突变的破坏性极强，但是看看用的ACMG证据，他们又是用的PVS1+PM2，不对呀，肯定还有问题！ 图3 全部的RefSeq转录本 为了不冤枉好人，医生特意去咨询了转录本的使用情况，公司说这个位置用的是ensembl的参考转录本，我们因此去查询了ensembl当中的转录本，仍然表明COG5 c.403CT同义突变或者是内含子区的变异，总之不是无义突变。 图4 ensembl转录本 此时我们陷入了僵局，随后我和我的小伙伴不约而同的想，还有一种可能：我们按照基因组坐标来！ 假设2：基因组坐标与选取的转录本不匹配！ 求证:随后在VarSome中，输入了chr7:107188760 CT，此时发现，不对，还是有问题，提示参考序列此时应该的G，提示此处应该是互补链，于是，我们输入chr7:107188760 GA 图5 提示参考序列为G 输入之后，我们发现这次倒确实是个无义突变，但是又和报告中的转录本对不上了。 图6 基因坐标的检索结果 我们怕搞错，于是再次去检查了全部的转录本，我们发现无论是按照经典转录本NM_006348.5,还是报告当中的转录本NM在这个位置的人类基因组变异命名都是HGVS.c310CT, HGVS.p Q104*； 图7 变异的RefSeq全部转录本 我们切换至ensembl，这次HGVS.c和HGVS.p倒是对上了，但是发现和报告里面转录本对不上了。至此，找到了无义突变变”同义突变的原因。 图8 Ensembl转录本 结论：最终我们发现在报告中，这个变异，参考基因组版本是hg19,报告书写的时候，用的是RefSeq的参考转录本，实际在做HGVS注释的时候却是Ensembl，虽说没有规定必须用哪个参考序列，但是报告内容的“混搭”最终导致了这个本不该发生的大乌龙。 不知道审核报告的过程中，为什么这个问题没有被发现。还好医生负责任，自己查了好几遍，又组织了多人复查，不然连检测公司自己都得被坑进去。 后续：公司修改了报告，重新发回。 工作笔记： 回顾整个debug的过程，我总结了几个工作小贴士： 1、拿到报告位点后，最好再次验证复核变异的致病性，不同单位的分级可以存在差异，但是差异不能过于巨大，我用的复核工具是VarSome /； 2、 遇到只有纸质报告的情况，最好先检查变异的命名是否有问题，这次的问题就是HGVS命名、转录本和基因组坐标不匹配导致的。VarSome除了分级以外，还可以做变异命名的校验，另外我还常用variantvalidator /； 3、如果实在没有方向，干脆先不要用HGVS，直接在VarSome里面输入基因组坐标进行查询，此时有助于帮我们更了解问题的本质，更有可能找到原因，解决问题。 一点感想 虽说原因找到了，但是回顾整个过程，浑身冷汗。不知道其他的老师日常如何，我自己的习惯是用HGVS来进行变异检索。结果这次遇到了这么一份随性的报告，无义突变因为这种原因可以成为同义突变。 如果病人了解遗传学知识，知道报告出成这样，病人怎么看我们？临床战友们好不容易说服病人去做诊