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CO-IP没有条带的常见原因和解决的办法

蛋白浓度过稀

绝大多数情况下，CO-IP没有条带是由于蛋白浓度过稀。裂解产物的蛋白浓度越高越好。但是，有些实验室喜欢稀释裂解样品的蛋白浓度再做CO-IP。其实，在大多数情况下要尽可能避免稀释你的细胞裂解液。尽量使细胞裂解产物的蛋白浓度可达7-8mg/ml左右。这才会避免发生没有条带的情况。

没有裂解开

很多时候，由于裂解液不够强烈，蛋白质复合物没有分开，也会造成没有条带的问题。解决办法是：加温和加少量的SDS增加变性能力。

这里再介绍一个小窍门：最初几遍的漂洗buffer要和IP时的盐浓度相同。纯化蛋白的时候，如果用低盐裂解细胞，高盐漂洗去杂质，蛋白丢失较多。

再奉献一个自己在美国时候用的独门配方：20mMTris/HCl，pH7.6，100mMNaCl，20mMKCl，1.5mMMgCl2，0.5%NP-40andproteaseinhibitors（0.5MPMSF）。包用包好。

量不合适

很多时候，CO-IP没有条带，是由于蛋白量，珠子，抗体的量需要调整。根据毛博自己的经验，一般100ug蛋白，3ug抗体，30ug珠子。如果不行，250ug蛋白，5ug抗体，或者500ug蛋白，7ug抗体。

抗体太坑爹

抗体是CO-IP成败的致命因素之一！必须是IP级别的抗体。说句不好听的话，不要用国产抗体和SantaCruz的抗体。这些抗体在做CO-IP的实验室里面已经臭名远扬了。坑人无数。

单抗与多抗的选择也需要仔细考虑。两种抗体各有利弊。单抗特异性强，背景低。但是单抗有一个致命的弱点，就是识别位点单一，而在CO-IP过程中，该位点很有可能与其它蛋白或核酸结合而被封闭，导致单抗不能识别靶蛋白而没有条带。所以，如果没有十足把握，单抗的识别位点远离靶蛋白与核酸结合的区域，还是选择多抗比较稳妥一些。至少不会出现没有条带的问题。

细胞数量太少

很多时候，CO-IP没有信号是由于细胞数量太少。以毛博自己的经验，一般是145mm的培养皿，至少要长到50%以上。如果低于这个数目，CO-IP就很有可能没有信号。除非药品和试剂非常非常昂贵，否则就不要节约这点细胞了。一旦CO-IP实验失败，浪费的时间可是更宝贵的。

综上所述，CO-IP是比较难做的一个实验。很多时候，能否成功取决于抗体和两个蛋白的结合常数，和protocol和实验操作本身的关系不大。