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如何寻觅基因启动子

用UCSC数据库查找基因序列的启动子

方法一：

打开UCSC数据库网址：/

选择Tools中的“TableBrowser”则出现以下界面，以人的CCKBR基因为例。首先，在clade中选择Mammal，genome中选择Human，assmebly中选择最新的数据库，track中选择RefSeqGenes，outputformat中选择sequence。其次，在position后面的方框内输入待查的基因名称，如CCKBR。点击getoutput。

可出现以下界面，点击目的基因的第一个链接，可出现SelectsequencetypeforRefSeqGenes界面，并在该界面中选择genomic选项。

点击submit后，因一般启动子的长度大约为2kb，可选择Promoter/Upstreamby2000bases。

点击getsequence即可得到结果。

方法二：

在打开UCSC数据库后，点击GenomeBrowser，可出现以下界面。在species中选择Human，assmebly中选择最新的数据库，Position/searchterm中输入CCKBR基因。

点击GO,可出现以下界面，点击目的基因的第一个链接。可出现这个序列的图解概要。

为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoomout的1.5×按钮，如下图所示，一般高的块状表示外显子，短的块状表示5’端和3’端非翻译区，起连接作用的内含子则用细线条表示，翻译的方向由沿着细线的箭头表示。

点击上图中的RefSeqGenes中，任一个条形方块，可进入新的界面。在该界面的Linkstosequence中，选择GenomicSequence即查阅该基因的启动子序列。

二、用Ensembl数据库查找基因的启动子序列

打开ensembl数据库的网址：/index.html

以人的ANKH为例，在search中选择Human，for后面的方框中输入ANKH基因。

点击GO，在出现的新界面中，点击左侧的Gene。

点击第一个链接，可查看该基因的详细信息，点击左侧下端的exportdata。

在导出数据的界面中，将5’Flankingsequence（upstream）后的方框里输入2000，即启动子一般长度。同时，将Genomic后的方框里选择5’Flankingsequence，点击deselectall取消后续方框的对勾，再点击Next。

在新的界面里，点击text格式，即可获取启动子的序列。