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酵母对纤维素乙醇生产中的抑制剂响应的系统生物学研究的开题报告

一、研究背景和意义

纤维素是植物细胞壁的主要成分，其含量在生物质中占据很大的比例。纤维素可以通过酿造废弃物、林业剩余物等可再生资源转化为乙醇，是可持续生物燃料的一种重要来源。然而，纤维素乙醇生产过程中会产生各种抑制剂，如酚类、醛类、酸类等，严重影响纤维素乙醇发酵效果。因此，研究酵母对纤维素乙醇生产抑制剂的响应机制，对提高纤维素乙醇生产效率具有重要意义。

二、研究内容和创新点

本研究旨在通过系统生物学研究，探究酵母对纤维素乙醇生产抑制剂的响应机制。主要包括以下研究内容：

1.构建酵母的基因组规模代谢网络模型，包括底物转化、产物生成和抑制剂代谢通路等。

2.通过高通量测序技术，对酵母在纤维素乙醇生产过程中的转录组和代谢组进行分析，鉴定抑制剂处理后的差异表达基因和差异代谢产物。

3.应用系统生物学方法，对酵母在抑制剂作用下的代谢网络进行重建和动态模拟，预测抑制剂对代谢通路的影响、识别抑制剂解毒途径并预测对抑制剂的敏感性。

4.通过基因敲除、基因表达和代谢物分析等实验方法，证实预测的抑制剂解毒途径和敏感性，并验证模型的准确性。

本研究的创新点在于：综合应用基因组学、代谢组学和系统生物学方法，对酵母的代谢网络模型进行重建和模拟，深入探究抑制剂对纤维素乙醇生产的影响机制，为提高纤维素乙醇的生产效率和产量提供新的理论基础和实验依据。

三、研究方法和技术路线

1.酵母基因组规模代谢网络模型的构建

选取已有的酵母基因组数据作为代谢物质的基础，整合公开数据库中的代谢通路信息，建立酵母代谢网络模型。

2.高通量测序分析酵母的转录组和代谢组

利用高通量测序技术，对纤维素乙醇发酵过程中酵母的转录组和代谢组进行高通量测序，鉴定差异表达基因和差异代谢产物。

3.系统生物学方法研究酵母代谢网络和响应机制

利用系统生物学方法，通过数据挖掘、网络重建、动态模拟等技术手段，对酵母代谢网络和抑制剂解毒途径进行研究。

4.实验验证模型预测的抑制剂解毒途径和敏感性

根据模型预测结果，通过基因敲除、代谢产物分析、酵母突变库筛选等实验方法，验证模型预测的抑制剂解毒途径和敏感性。

四、研究预期成果和应用价值

1.构建酵母基因组规模代谢网络模型，揭示酵母在纤维素乙醇发酵过程中的代谢通路和抑制剂解毒途径，为理解纤维素乙醇生产的机制提供新的理论基础。

2.通过高通量测序和系统生物学研究，识别差异基因和代谢产物，并预测酵母对抑制剂的敏感性，为优化纤维素乙醇生产工艺提供新的策略。

3.实验验证模型预测的结果，进一步证实抑制剂解毒途径和敏感性，为优化纤维素乙醇生产工艺提供实验依据，推进生物燃料领域的可持续发展。