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DNAstar软软件件的的使使⽤⽤（（1））Megalign序序列列⽐⽐对对_唐唐明明智智_新新
浪浪博博客客
DNAstar软件共有七个⼩程序（见下图），各⾃执不同的功能，Editseq⽤于序列编辑，Seqman可以去除载体序列和拼接序
列，MegAlign
则主要执序列⽐对的功能．
开启MegAlign软件⾸先需要点击FileNew新建⼀个⼯作⽂件
再点击FileEntersequeces添加需要⽐对的序列，⽀持多种格式的⽂件（.seq;.abi;.pro;.fas等），点Ａdd可添加多个⽂件，
点Done
导⼊选中的⽂件．
这是⽂件导⼊后的界⾯
点Align选择序列⽐对的算法，其中多序列⽐对有三种算法：TeJotunHeinmetod，ClustalＶ和ClustalＷ；⼀般选择
ClustalＷ即可。三种算法的差异如下：
“TeJotunHeinmetodwasdevisedtoalignsequencestatarepreviouslyknowntoberelatedbydescent.TeClust
ClustalWisanadvancementoverClustalV,andwasdesignedtocreatemoreaccuratealignmentsforiglydivergedsequ
“CLUSTALW是⼀种渐进的多序列⽐对⽅法，先将多个序列两两⽐对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩
阵计算产⽣系
统进化指导树，对关系密切的序列进加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引⼊临近的序列并不断重新构建⽐对，直
到所有序列
都被加⼊为⽌”。
红⾊区域表⽰的是相似性最⾼的区域，蓝⾊和绿⾊是同源性较低的区域；
多序列⽐对的⼀个缺点就是不会⾃动对序列反向互补后再⽐对，所以反向互补后同源性⾼的序列检测不出来。如下图中的
20.p0和20.p6其
实是同⼀模板的两个⽅向的测序结果，像这种需要⽤到两两⽐对（Ｏnepair)。
ＯnePair也有好⼏种算法，任选⼀种都可，有兴趣的可以⾃⼰查找⼀下差别；
ＯnePair⽐对时需要先选中将要⽐对的两个序列
这是⽐对后的默认结果，不太容易分辨，
在序列上点右键，选择Ａlinmentcoloor设置显⽰参数，⼀般全选即可，这样可得到很直观的结果，最上⾯⼀栏显⽰相似性的
⼀些信息。
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