GB_T 43166-2023 燕麦嗜酸菌西瓜亚种溯源检测方法.pdf

ICS65.020.20

CCSB16

燕麦嗜酸菌西瓜亚种溯源检测方法

2023-09-07发布

国家市场监督管理总局

发布

国家标准化管理委员会

前言

起草。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的资任。

本文件由全国植物检疫标准化技术委员会(SAC/TC271)提出并归口。

本文件起草单位：中华人民共和国深圳海关、深圳市检验检疫科学研究院、中国农业大学。

本文件主要起草人：章桂明、高璃芳、王颖、向才玉、黄河清、李螂、张丹丹。

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燕麦嗜酸菌西瓜亚种溯源检测方法

1范围

本文件描述了应用全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)方法对燕麦嗜酸菌西瓜亚种进行溯源检测

的方法。

本文件适用于熟麦嗜酸菌西瓜亚种的分子溯源检测。

2规范性引用文件

本文件没有规范性引用文件。

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

湖酒traceabiltty

对于一个未知产地的对象，依靠建立特定的技术，实现其原产地的追溯。

注：测源又称为“可总溯性”、

3.2

系统发育树phylogenetictree

具有共同祖先的各物种间进化关系的树，

注：在进化树中，每个分支节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离，

3.3

单核苷酸多态性slnglenucleotidepolymorphism;SNP

在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

3.4

在全基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

4病菌的基本信息

中文名：燕麦嗜酸菌西瓜亚种，又称瓜类果死病菌、西瓜细菌性果斑病菌、西瓜细菌性果腐病菌。

该病菌的其他相关资料见附录A。

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GB/T43166—2023

5方法原理

燕麦嗜酸菌西瓜亚种溯源检测方法的原理是通过全基因组测序技术发掘物种的wgSNP位点，基

于得到的单核苷酸多态性信息构建系统发育树，进行聚类分析，从而对物种进行溯源归类。

6仪器和器具

恒温培养箱、恒温摇床、超净工作台、高压灭菌锅、PCR扩增仪、冷冻离心机、核酸蛋白分析仪、电泳

仪、凝胶成像系统、-20℃冰箱，水容锅、解剖刀、离心管、饭子、移液器、冻存管、培养皿、酒精灯、接

种针。

7试剂和培养基

试剂：70酒粒CTAB、PCRTaq酶、PCRTaq缓冲液、dNTP、无菌超纯水。

溶解后，每份10mL分装到玻璃试管重

LB面体墙养基：1L1B液密程酸加人16.00元拆脱防，分安至维形瓶中

以且培养基均在高压天而动21℃商底天菌2min,畜形

8溯源检测方法

8.1检测流程

对燕麦嗜藏菌西瓜亚和进行测源的流座包括菌株的活化，DNA的提取与纯化全基因组测序、数据

评估质控、安列电对、SNP检测、系统发育分极以应配果判定。检测流程见附录。

8.2菌株活化

在超净工作台环境响，将保存的菌株用LB固体培养基用接种针取菌采用产板培养皿上划线法活

化，于28℃恒温培养箱中倒瞪培养2d～3d备用。

8.3DNA提取与纯化

增仪对其进行PCR扩增，并用电泳仪对PCR产物进行电泳，最后使用凝胶成像系统进行检测。用核酸

蛋白检测仪测定DNA浓度及纯度后，保存于-20℃冰箱备用。

8.4全基因组测序

以模式菌株(REF)或来源明确的菌株的全基因组序列为参考基因组，采用全基因组鸟枪法

到200。

8.5数据评估质控

2

用生物信息分析软件进行质量剪切，确保得到的数据有效、准确。

8.6序列比对

按照通用生物信息分析软件列出的流程开展序列比对：

a)使用通用生物信息分析软件将待测物种基因组有效数据与盆考基