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基于图形表示的DNA相似性分析及进化树构建算法研究的开题报告

一、选题背景和意义

DNA（脱氧核糖核酸）是生物体内重要的遗传物质，其序列的变化往往能够反映生物的进化关系。多方面的分析表明，DNA序列相似性分析有助于揭示生物种类之间的进化关系，可用于物种分类、基因功能预测、生物技术等多个领域。

能够准确快速地对DNA序列进行相似性分析，并进而推断种间进化关系，对生物学研究有重要的意义。在此背景下，本文旨在研究一种基于图形表示的DNA相似性分析及进化树构建算法，以期为相关领域的研究提供一种有效的方法。

二、论文内容和研究方法

论文主要内容包括以下方面：

1.DNA序列的图形表示方法研究。通过将DNA序列转换为图形表示形式，可使序列的属性更加明显地表现出来，便于后续处理和分析。

2.DNA序列相似性计算方法研究。本文将探讨如何基于DNA序列的图形表示形式，准确快速地计算序列相似性。

3.基于序列相似性的进化树构建方法研究。本文将探讨如何基于计算得到的DNA序列相似性，建立相应的进化关系树，以期发掘生物种类之间的进化关系。

在研究方法上，本文将采用以下步骤：

1.确定DNA图形表示形式。本文将研究使用有向无环图（DAG）表示DNA序列的方法，并分析其特点和优势。

2.确定DNA相似性计算方法。本文将探讨如何基于DAG表示的DNA序列，计算序列之间的相似性，并对计算方法的准确性和效率进行评估。

3.确定进化树构建算法。本文将研究如何利用计算出的DNA序列相似性，建立相应的进化关系树，以期揭示物种之间的进化关系。

三、预期效果和意义

预期实现的效果和意义包括以下方面：

1.提出一种新的DNA图形表示形式，并开发可靠高效的DNA相似性计算方法。这将有益于减少DNA相似性计算的时间消耗，提高计算效率和准确性。

2.提出一种基于DNA序列相似性的进化树构建算法，并通过实例数据集的分析，验证其准确性和实用性。这将有助于理解生物物种之间的进化关系，为生物学研究提供新的思路和方法。