生物信息学复习资料.docVIP

常见的蛋白质和核酸数据库

核酸三大数据库：GenBank，EBI，DDBJ；DNA/RNA序列，NM_XXXXXX

蛋白质序列：UniProt数据库；蛋白质序列：NP_XXXXXX

蛋白质结构数据库：PDB，MMDB，MSD

常见概念

Ortholog(直系同源序列)：两个基因通过物种形成的事件而产生，或源于不同物种的最近的共同祖先的两个基因，或者两个物种中的同一基因，一般具有相同的功能。

Paralog(旁系同源序列)：两个基因在同一物种中，通过至少一次基因复制的事件而产生。

Xenolog(异同源序列)：由某一个水平基因转移事件而得到的同源序列。

functionaldomain:1)具有完整的、独立的三级结构，2)具有特定的生物学功能；3)一般长度，几十到几百个氨基酸；4)允许插入/缺失，即允许存在gap.

Block(模块):几个到几十个氨基酸；无gap，从全局多序列比对的结果直接处理得到；描述蛋白质家族或者一类蛋白质的序列保守性。

Motif（模体）：不具有独立的三级结构；具有特定的生物学功能：结合，修饰，细胞亚定位，维持结构等；长度一般几个到几十个氨基酸或者碱基；例如，SUMO化的序列模体：Ψ-K-X-E(Ψ:A，I，L，V，M，F，P；X:任意氨基酸)

Pattern（模式）：在算法上用来描述一类功能结构域，