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虽然已经解析出来的蛋白质结构日益增多(可以到蛋白质结构数据库PDB中查询其结构是否被解析)，但是很多小伙伴们的研究目标的结构还没有被解析（实际上是大部分蛋白结构都没有被解析）。

蛋白质结构数据库PDB：http://www./

那么，在实验之外，有其他方法获得生物大分子的结构吗？当然有啊，那就是结构预测啊。

PS：结构预测获得的结构不一定准确，不过近年来随着数据库的扩大以及算法的改进，结构预测的准确性越来越高。

关于核酸RNA二级结构的预测，之前我们公众号介绍过RNAstructure的使用：《\t/content/18/1130/09/_blank如何绘制高大上的RNA二级结构图？》（关于RNA三级结构的预测，我们稍后会有推文。）我们先来介绍一下蛋白质结构的预测。

一、背景介绍

蛋白质的结构从低维度到高维度划分为四级：

一级结构——氨基酸序列；

二级结构——主链原子形成的局部空间构象，如α螺旋，β折叠；

三级结构——二级结构在三维空间排列形成三维结构；

四级结构——不同亚基组成的蛋白质复合物大分子。

在二级结构和三节结构之间，还存在超二级结构（有些书籍称作motif，模体/基序）以及结构域。

二、工具使用

从一级序列我们能够获得哪些信息呢？小师弟在此给大家安利一个网站，https://web./protparam/。

它的主界面非常简单，我们可以输入蛋白质的AC号或者蛋白质序列，然后点击computeparameters,然后就可以获得这个蛋白质的诸多信息了。

PS：ExPASy是一个神器的网站，大家可以通过网址https://www./resources来访问其提供的各种生物信息学工具，有很多妙用哦！之前我们在\t/content/18/1130/09/_blank研究Protein，这些技术不得不看中有提到其中的PROSITE的用法。

在跳转出来的结果页，我们可以获得如下一些信息：

蛋白质分子的氨基酸数量及其相对分子质量，

理论等电点，

氨基酸组成及其带电氨基酸数量，

原子组成和分子式，

消光系数/吸收度，

半衰期，

不稳定系数，

脂肪性系数以及该蛋白质的总平均亲水性。

?

三、结果解读和研究意义

分子质量在SDS电泳以及westernblot中非常有用。但是，在SDS或者westernblot实验中，分子条带大小并一定和此处给的完全相符，排除了未充分煮样等实验操作失误外，还可能是因为这些蛋白带电荷过于特殊，有别于正常蛋白。对于蛋白分子质量，我们还可以使用氨基酸残基数目*110来快速估算。

等电点就是电解质在此pH下，其所带的正电荷和负电荷一样多，导致其净电荷为0。理论等电点在等电聚焦以及使用离子交换层析分离纯化蛋白时非常有用。使用离子交换层析分离纯化两个蛋白，一般需要两个蛋白等电点相差至少0.5。对于常见的蛋白纯化亲和标签，一般都已经通过基因工程改造，将其等电点改造成明显偏离普通蛋白的等电点。如His-sumo标签的等电点为5.4，GST标签的等电点为5.6，MBP标签的等电点为4.9。而大多数蛋白的等电点为偏酸性，略低于7，因此可以方便的使用离子交换层析方法分离亲和标签和不含标签的目的蛋白。

在氨基酸组成方面，我们可以方便的看到20种氨基酸占比（有几个氨基酸在大多数蛋白中的占比相对恒定，此是诸多蛋白质浓度测定的统计学基础）。有细心的小伙伴可能发现，在20种氨基酸下面，还有3个氨基酸符号，那是什么东东？说实话，第一次打开这个结果页，我也被这三个符号唬住了。本着科研狗+理工男的严谨精神（对，我大生物就是理科，那些常常怼生物像文科的，别逼逼，我不接受反驳，小师弟要傲娇一回），我立马查询一番，原来，B就是Asx，AsparticacidorAsparagine（天冬氨酸或者天冬酰胺）；Z就是Glx，GlutamineorGlutamicacid（谷氨酰胺或者谷氨酸）；X就是Xaa，Anyaminoacid（任意氨基酸）。也就是说，这3个符号是用来表示暂时还有歧义的氨基酸残基的，并不是什么稀有氨基酸。

下面还有荷电氨基酸统计。分别统计了带负电氨基酸（天冬氨酸和谷氨酸）的数量，以及带正电氨基酸（赖氨酸和精氨酸）的数量。有小伙伴可能会好奇，碱性氨基酸不是赖氨酸、精氨酸、组氨酸3个吗？这里面为什么没有组氨酸呢？因为组氨酸是一种弱碱性氨基酸，在生理状态下基本上不带电的。不信，我给你看个表格。

我们可以看到，组氨酸的等电点为7.59，而人体血液的pH在7.35-7.45，其他多种体液也都是偏弱碱性（当然，胃液这种变态不算的，它的pH变态的为0.9-1.5），所以说组氨酸在生理状态下基本上不带电，所以就不参与统计喽！

酸碱体质理论

消光系数和吸收度：根据朗伯比尔定律A=lg(1/T)=Kbc（A