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2023下呼吸道感染mNGS解读专家共识（完整版）

宏基因组二代测序(mNGS)是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定

技术，由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。下呼吸道感染

(LRTI)主要包括社区获得性肺炎（CAP）、医院获得性肺炎(HAP)、免疫

抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类

型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之

mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力的发挥有赖于选择恰当

患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。

01哪些情况需送检mNGS？

(1)免疫抑制宿主疑似发生LRTI且临床表现提示非CAP常见病原微

生物所致者；

(2)LRTI患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要

有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI经

规范经验性抗感染治疗48~72h后，感染症状仍持续加重或影像学快速

进展者；

(3)聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病

史(如近期境外或野外旅游史)且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；

临床考虑特殊病原体(如钩端螺旋体、嗜肺军团菌、鹦鹉热、衣原体等)感

染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传

统检测方案时；

(4)患者有LRTI症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、

病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致(如结缔组织疾病的肺部累及、

肺淋巴瘤等)，可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关

检查同时送检mNGS以帮助鉴别诊断。

02、哪些情况不建议送检mNGS？

(1)免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗

感染治疗病情已好转；

(2)LRTI已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治

疗有效；

(3)无法获取优质标本。

03、mNGS标本类型有哪些？

在LRTI的病原微生物诊断中，可用于mNGS检测的标本包括痰(含诱

导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）

标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液

等。

04、mNGS送检及保存要求

(1)下呼吸道标本：包括痰(含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原

则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时

间间隔≤24h，可在2~8℃保存。若标本采集时间与检测时间间隔

24h，DNA测序标本保存时间≤2周时可储存在-20℃冰箱，保存

时间超过2周则需储存在-80℃冰箱；需要进行RNA测序的标本如

果保存时间24h，均应保存在-80℃冰箱。对于短期不做检测的液

体样本，冻存前应分装保存在冻存管(≥500μL/管)中。

(2)血标本：采集后4℃保存不超过8h，如果需要长期保存，分离血

浆后4℃可保存24h，长期保存于-80℃冰箱。

(3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保存在无菌

生理盐水或者Hank′s液中，4℃保存不超过24h。如果需要长期保

存，小块组织可以不加保存液立即-80℃冻存，穿刺活检标本置于无菌

生理盐水-80℃冻存。

05、标本运输的要求

(1)24h内送抵实验室并开始检测，可考虑冰袋低温运输；

(2)24~72h内送抵应干冰运输，送抵后应立即进行标本前处理和核酸提

取。

需要进行去宿主核酸处理的标本保存和运输注意事项：除了上述注意事项

外，此类标本一般要尽量保证病原微生物完整性，避免碾磨或多次冻融。

06、哪些情况需要在DNA测序的同时送检RNA测序？

RNA病毒引起的LRTI通常有一定的季节性、流行性或地域性。建议检