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荣昌猪DNA甲基化水平的差异分析的任务书
任务名称：荣昌猪DNA甲基化水平的差异分析
任务背景：
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，对于动植物的发育、生长、信号传导和基因表达调控有着重要的作用。近年来，随着研究技术的不断发展，越来越多的对于DNA甲基化的研究将为家畜的遗传增进和选育提供重要依据。
荣昌猪是一种重要的杂交猪种，其优异的生长性能和产肉性能在近年来受到广泛关注。尽管已经取得了一些研究成果，但是其DNA甲基化研究仍然是相对较少的，需要进一步深入探索。
任务描述：
本任务的目的是使用大数据分析方法，对荣昌猪的DNA甲基化水平进行差异分析，验证其在遗传控制和调控中的重要性。具体任务描述如下：
1.收集荣昌猪样本，并进行DNA甲基化测序。
2.对测序数据进行初步预处理，包括数据过滤、质控等。
3.使用数据分析工具对甲基化水平进行定量分析，计算每个样本中的甲基化位点比例。
4.将甲基化位点比例数据进行统计分析，得到样本间的差异。
5.进一步使用生物信息学工具对甲基化位点在基因组上的分布情况进行分析，包括染色体分布、基因内分布等。
6.结合已有的基因组注释信息，对差异甲基化位点进行功能注释和生物学解释。
7.最终得出差异显著的甲基化位点列表，并进行进一步分析，验证与荣昌猪生长性能和产肉性能相关的位点。
任务成果：
1.甲基化位点比例数据表格。
2.差异显著的甲基化位点列表，包括不同样本间的差异和基因组内的差异。
3.甲基化位点在基因组上的分布情况分析图表。
4.差异甲基化位点的生物学解释和功能注释报告。
5.任务报告书。
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