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基于聚类的混合基因选择方法研究的中期报告
一、研究背景
随着基因芯片技术的发展，大规模的基因表达数据已经被广泛采集和存储。然而，基因表达数据的分析和应用并不简单，尤其是在基因选择和分类中的应用。传统的基因选择方法通常是基于单一的特征选择技术，如t检验、方差分析等，这些方法往往不能很好地处理基因表达矩阵中包含的高度相关基因和冗余特征。因此，混合基因选择方法成为了近年来研究的热点之一。
聚类分析是一种常见的数据挖掘技术，可以将原始数据划分成若干组或类别。在基因表达数据中，聚类分析可以将基因分为不同的簇，从而揭示基因间的相关关系。基于聚类的混合基因选择方法通过将聚类分析与其他基因选择方法相结合，可以提高基因选择的准确性和性能。
本研究旨在发展一种基于聚类的混合基因选择方法，应用于基因表达数据中的分类问题。
二、研究方法
本研究采用以下方法：
1.数据集的处理
选取基因表达矩阵中的一部分数据，包括正常样本和病态样本。使用R语言的Limma包进行数据预处理，包括数据标准化、离散化、缺失值处理等。
2.聚类分析
利用hclust函数对基因表达矩阵进行聚类分析，得到基于样本相似度的聚类结果。
3.特征选择
采用两种特征选择方法，分别是t检验和方差分析，对聚类结果中每个簇中的基因进行特征选择，得到每个簇的特征基因集合。
4.混合基因选择
将所有特征基因集合合并，使用LASSO算法进行混合基因选择，得到最终的基因集合。
5.分类器的构建
将基因集合作为特征，采用逻辑回归算法构建分类器，并进行模型评估和优化。
三、预期结果
本研究预计得到以下结果：
1.基于聚类的混合基因选择方法可以更好地处理基因表达数据中的相关基因和冗余特征，提高基因选择的准确性和性能。
2.基于聚类的混合基因选择方法可以应用于基因表达数据中的分类问题，并取得良好的分类结果。
3.本研究可以为深入研究基因表达数据分析方法提供参考和借鉴。
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