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条斑紫菜丝状体发育消减文库建立与差异基因筛选的任务书

任务名称：条斑紫菜丝状体发育消减文库建立与差异基因筛选

任务背景：条斑紫菜（Porphyratenera）是我国重要的珍贵海洋食品之一，其丝状体在紫菜产业中起到重要的作用。丝状体的发育消减在条斑紫菜的生长过程中起到关键作用，但其分子机理尚不清楚。因此，建立丝状体发育消减文库并筛选差异基因对于揭示其分子机理具有重要意义。

任务目标：建立条斑紫菜丝状体发育消减文库，通过差异基因筛选分析，找到与丝状体发育消减相关的基因，并对其进行进一步的功能注释和分析。

任务内容：

1.收集并分离条斑紫菜各发育阶段的丝状体样品，提取RNA并建立文库。

2.对文库进行高通量测序，获得高质量的测序数据。

3.对测序数据进行质量控制及预处理，包括去除低质量序列，去除接头序列和过滤低质量的reads等。

4.用比对工具将高质量测序数据比对到参考基因组或转录组，得到比对结果。

5.根据比对结果计算基因的表达量，并筛选出与丝状体发育消减相关的差异表达基因。

6.对差异表达基因进行功能注释和富集分析，以确定其生物学功能和通路。

7.对关键基因进行验证实验，包括基因克隆、特异性表达、功能研究等，以验证其在丝状体发育消减中的作用。

任务成果：

1.建立条斑紫菜丝状体发育消减文库，并进行高通量测序。

2.获得高质量测序数据，筛选出与丝状体发育消减相关的差异表达基因。

3.对差异表达基因进行生物学功能和通路富集分析，确定与丝状体发育消减相关的通路和关键基因。

4.对关键基因进行验证实验，并验证其在丝状体发育消减中的作用。

任务周期：12个月

任务预算：50万元