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甘薯茎线虫诱导cDNA文库的构建与ESTs分析的任务书

任务书

任务名称：甘薯茎线虫诱导cDNA文库的构建与ESTs分析

任务时间：90天

任务目标：

1.构建一份包含甘薯茎线虫诱导cDNA的文库，并对文库进行初步的鉴定和筛选。

2.对文库中随机挑选的ESTs进行测序和分析，以确定其在甘薯茎线虫诱导反应中的作用。

3.分析得到的ESTs信息，挑选有意义的基因并进行注释和功能分析。

任务描述：

1.文库构建

根据已有的甘薯茎线虫诱导相关文献，收集并筛选出具有代表性的样品。从这些样品中分离出总RNA，进行质量检测和纯化。将纯化后的RNA转录成cDNA，并制备成文库。通过PCR扩增、克隆、测序等方法对文库进行质量鉴定和筛选，挑选出质量较高、定量较合理的文库进行下一步的实验。

2.ESTs测序和分析

从构建好的文库中随机挑选一定数量的克隆体，通过测序获得ESTs。对测序结果进行拼接、修剪、清洗等预处理，得到高质量的ESTs序列。将序列与已知的ESTs数据库比对，鉴定和注释其功能。通过序列比对和拼接，得到含义明确的序列，并进行注释和功能预测。

3.基因功能分析

结合已知的基因信息库，对挑选出来的基因进行注释和功能分析。分析基因的结构和序列，挖掘出潜在的生物学功能和代谢通路。根据已有的生物学知识，预测基因的作用和调节机制。利用生物信息学工具对基因表达模式进行分析，探究其与甘薯茎线虫诱导反应之间的联系。

任务要求：

1.对所采用的材料和方法进行详细记录，并进行数据分析和报告。

2.完成文库构建和ESTs分析的实验任务，并在规定时间内提交完整的实验数据和分析结果。

3.合理利用已有的数据库和生物信息学工具，开展基因功能预测和分析工作。

4.熟练运用生化技术和生物信息学方法，保证数据质量和实验准确性。

5.在实验可行性和经济性的范围内，尽可能地挖掘和发现新的生物学知识和科学问题。

任务成果：

1.一份完整的实验记录，包含文库构建和ESTs分析的详细过程和数据。

2.对文库的初步鉴定和筛选结果，包括文库大小、插入片段长度和平均长度等信息。

3.一份包含所有测序结果的ESTs序列文本文件，其中应包括序列比对、注释和功能预测结果。

4.对ESTs序列进行注释和分析的报告，包括得到的基因信息、功能预测和生物通路分析结果。

5.一份完整的基因表达模式分析报告，包括基因在甘薯茎线虫诱导反应中的表达变化和对应生物学意义的解释。