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生物信息学试题

1、构建分子系统树的主要方法有哪些？并简要说明构建分子进化树

的一般步骤。（20分）

答：（1）构建进化树的方法包括两种：一类是序列类似性比较，主

要是基于氨基酸相对突变率矩阵（常用PAM250）计算不同序列差异

性积分作为它们的差异性量度（序列进化树）；另一类在难以通过序

列比较构建序列进化树的情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构

叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树

(2)序列比对——选取所需序列——软件绘制

具体如下：

a测序获取序列或者在NCBI上搜索所需的目的序列

b在NCBI上做blast：比对相似度较高的基因，并以fast格式下载，

整合在*txt文档中。

c比对序列，比对序列转化成*meg格式

d打开保存的*meg格式文件，构建系统进化树

2、氨基酸序列打分矩阵PAM和BLOSUM中序号有什么意义？它们各自

的规律是什么？（10分）

（1）PAM矩阵：基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明

自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的

变异单位,即1%的氨基酸改变。

BLOSUM矩阵：首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断，分别比

较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数

据），然后，以所有60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生

BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生

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BLOSUM80。

（2）PAM用于家族内成员相比，然后把所有家族中对某种氨基酸的比较结果加

和在一起，产生“取代”数据（PAM-1）；PAM-1自乘n次，得PAM-n。

PAM-n中，n越小，表示氨基酸变异的可能性越小；相似的序列之间比较应该选

用n值小的矩阵，不太相似的序列之间比较应该选用n值大的矩阵。PAM-250

用于约20%相同序列之间的比较。

BLOSUM-n中，n越小，表示氨基酸相似的可能性越小；相似的序列之间比较应该

选用n值大的矩阵，不太相似的序列之间比较应该选用n值小的矩阵。

BLOSUM-62用来比较62％相似度的序列，BLOSUM-80用来比较80％左右的序列。

3、蛋白质三维结构预测的主要方法有哪些？试选择其中的一种方

法，说明蛋白质三维结构预测的一般步骤。（10分）

（1）

a同源建模（序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型

b折叠识别(已知结模板的序列一致率小于25%)

c从头预测的方法(无已知结构蛋白质模板)。

（2）

4、你所熟悉的生物信息学软件有哪些？请选择其中的至少一种软

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件，结合自己的研究课题，谈谈你所选择软件的基本原理，使用

方法与用途。（25分）

（1）序列比对工具BLAST和ClustalX；分子进化遗传分析工具(MEGA4)

（2）

ClustalX基本原理：渐进法，CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两

比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，

对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重

新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

ClustalX功能：多序列比对

ClustalX使用方法：输入序列文件——设定比对的一些参数——开始序列比对

——比对完成，选择保存结果文件的格式

5、假如你现在有100个来自同一科的不同植物或者动物的基因组数

据，根据现有学过知识，谈谈你可以从那些方面进行生物信息学

分析，并简述可能的结果。（20分）

可以研究其中的一个基因家族情况，系统进化树和保守结构分析，，分析生物进

化过程中（参进化树）的同源性差异，

结构预测：基因数量相似，大部分高度保守区，且该区基因均表达相同的氨