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生物信息学中序列比对问题研究的开题报告

【摘要】

生物信息学中，序列比对是一项非常重要的工作。序列比对能够帮助研究者分析与确认DNA或者RNA序列之间的相似性和差异性。目前已经有各种不同的序列比对方法，但是这些方法还有不少问题需要解决。本文旨在深入研究序列比对方法中的问题，并提出改进的方法。

【关键词】

生物信息学；序列比对；相似性；差异性；方法改进。

【正文】

1.研究背景与意义

随着基因组学、转录组学和蛋白质组学的迅速发展，生物信息学成为研究生物学的重要手段之一。对于DNA或RNA序列的比对是生物信息学中非常重要的一部分，它能够帮助研究者寻找序列之间的相似性和差异性。比对的结果可以用于进化分析、RNA翻译后修饰的预测、SNP定位、药物靶点预测等等。因此，研究序列比对方法的问题，对生物信息学领域进一步的研究有着重要的意义。

2.目前序列比对方法存在的问题

目前，序列比对方法有全局比对和局部比对两种。全局比对适用于相似性较高的序列，它比较耗时，但能找到最优解。局部比对适用于较长序列之间的比对，它比较快，但不能找到最优解。在实际应用过程中，常常会出现以下问题：

（1）长序列的比对困难

当比对的两个序列长度较长时，计算复杂度会非常高，耗费时间和资源较多。如何加速比对过程，提高比对效率，是目前需要解决的问题之一。

（2）低质量序列的影响

当一个序列的质量不高时，即存在非特异性碱基的