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张润锋2019年6月生命科学学院差异表达基因的Cytoscape分析CytoscapeAnalysisofDE

Cytoscape对差异表达基因分析思路分析目的：给差异表达基因找到归属，探究差异表达基因之间可能相互作用。分析步骤：String-PPInetwork和功能富集（主要时GO和KEGG）；MCODE-Module或Cluster分析ClueGO-GO和KEGG的network

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Cytoscape打开界面：genelist输入①；点击②，出现3个选项，参考物种（选择如果列表中无需要的物种，可在ClueGO_app下载后下载相应的物种注释信息）、置信阈值和最大连接数（默认0.40，0）。可选选项中勾选“LoadEnrichmentData”(将相应的GO、KEGG等富集信息呈现出来）。完成后，点击“放大镜”符号。①②

Cytoscapenetwork结果：(1)左边产生的network——StringNetwork，可重命名。(2)右上方PPINetwork。(3)右下方是相关信息，其中NodeTable代表基因；EdgeTable代表基因之间互作；StringEnrichment代表GO、KEGG等富集信息。每部分内容都可以以相应形式输出，不要截图！

部分截图，可以去掉单个蛋白、仅有两个相互之间作用的蛋白。对于剩下部分，可以鼠标选择、拖动，调至相互网络关系最为清晰即可。对于原来默认的参数，如图标形状等，可在Style下逐个调整变化。

图片形式保存：（1）在视图区将其左右上下空间调至最好（尽量占据整个视图，否则输出图片在四周留白较多）；（2）以PNG形式保存；（3）ImageSize：Zoom-500%，Units-inches，Resolution-600。这样保存的图片分辨率最高。

MCODEapp应用：将大的PPInetwork分解为相互作用固定的Cluster，这些Cluster内，相互作用的蛋白可能组成蛋白复合体等。见下页图b。app安装与应用：点击顶端app即可进行相应的安装。安装好相应的app，下次应用时，点击即可出现下拉菜单，显示已经安装的app。

ClueGOapp应用：安装之后，初次应用需要注册号码，可根据提示完成，1-2天就发送到邮箱。

Cytoscape-ClueGO同样需要在Appmanager中加载。1.物种的选择2.加载其他物种，ClueGO提供的物种有将近200个，并且一直在更新中3.粘贴待分析基因4.多组数据比较，ClueGO也可以进行两组或多组的比较分析5.BP,CC,MF,KEGG等分析内容选择6.其他参数的设定，可以自己定义，一般showanlypathwayswithpvalue?设定为≤0.05。ClueGO结果更为炫酷

ClueGO分析结果也可以同时展示每个term相关的基因，需要ClueGO和CluePedia配合使用，如下图所示，点击框内的CluePedia可以选择不同的展示方式，体现基因或者隐藏基因。点击ClueGOresults可以导出分析结果到EXCEL。

其他.OmicsBeanOmicsBean()是一款针对不同实验设计的组学数据分析系统，整合了GOontology，KEGG，String等数据库，更侧重输出结果的图表设计，相比富集分析系统增加了数据分析和分子互作模型构建等功能模块。该网站注册后可以使用一周。

其他.KOBAS3.0

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