生物信息学-进化树构建.ppt

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2024-04-18 发布于四川
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第2章核酸序列分析;序列1：AF310622;序列2：AF308147;序列3：AF283499;序列4：AF012090;序列5：AF447394;StepstouseMEGA4(1/18);StepstouseMEGA4(2/18);StepstouseMEGA4(3/18);StepstouseMEGA4(4/18);StepstouseMEGA4(5/18);StepstouseMEGA4(6/18);StepstouseMEGA4(7/18);StepstouseMEGA4(8/18);StepstouseMEGA4(9/18);StepstouseMEGA4(10/18);StepstouseMEGA4(11/18);StepstouseMEGA4(12/18);2、建ME进化树;选择name.meg文件;设定自举检验参数（1/2）;设定自举检验参数（2/2）;选择替换模型No.ofdifference;得到的ME进化树;3、建ML进化树;选择name.meg文件;设定自举检验参数（1/2）;设定自举检验参数（2/2）;选择替换模型Jukes-Cantormodel;得到的ML进化树;4、建MP进化树;选择name.meg文件;设定自举检验参数（1/2）;设定自举检验参数（2/2）;得到的MP进化树;5、建UPGMA进化树;选择name.meg文件;设定自举检验参数（1/2）;设定自举检验参数（2/2）;选择替换模型Kimura2-parametermodel;得到的UPGMA进化树;6、用蛋白质序列建进化树;StepstouseMEGA5(1/12);StepstouseMEGA5(2/12);StepstouseMEGA5(3/12);7、在MEGA中对进化树做编辑;1）编辑序列名称的字体;更改字体设定;得到以红色显示的序列名称;2）树枝位置调换;3）树内标注编辑;粘贴到PowerPoint并取消‘组合’;在PowerPoint中做更多编辑;Practice2-3;参考答案2-3;Summary/小结;建ME进化树;建MP进化树;建显示自举检验值的NJ进化树;进化树编辑