基于信息熵的差异甲基化区域的筛选方法(QDMR)的中期报告.docxVIP

基于信息熵的差异甲基化区域的筛选方法(QDMR)的中期报告

【摘要】

DNA甲基化在维持基因组稳定性和调控基因表达中起着至关重要的作用。差异甲基化区域(DMRs)是不同类型组织或不同状态的细胞中表观遗传学变化的标志。然而，如何鉴定DMRs是一个具有挑战性的问题。本研究旨在开发一种基于信息熵的差异甲基化区域的筛选方法(QDMR)，该方法将甲基化数据分为两组，并通过信息熵来评估每个区域的不确定性来筛选差异甲基化区域。在模拟数据和真实数据集上的实验结果表明，QDMR方法能够有效地鉴定差异甲基化区域，并提高了鉴定的准确性和稳定性。这项工作为寻找DMRs提供了一种新的思路。

【关键词】

DNA甲基化；差异甲基化区域；信息熵；筛选方法；QDMR

【正文】

1.研究背景

DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰，可以影响基因表达和维持基因组稳定性。差异甲基化区域(DMRs)是不同类型组织或不同状态的细胞中表观遗传学变化的标志。鉴定DMRs可以为研究基因调控和肿瘤发生提供重要的信息。因此，发展高效、准确的DMRs鉴定方法是当前的研究热点之一。

目前，已经发展了许多DMRs鉴定方法，如差异比率分析、基于模型的方法和基于机器学习的方法等。但是，这些方法存在着一些限制，如容易受到甲基化水平的变化和噪声的影响，难以准确地鉴定DMRs。因此，寻找一种更加稳健和准确的DMRs鉴定方法仍然是一个具有挑战性的问题。

2.研究目的

本研究旨在开发一种基于信息熵的差异甲基化区域的筛选方法(QDMR)，该方法将甲基化数据分为两组，并通过信息熵来评估每个区域的不确定性来筛选差异甲基化区域。

3.研究方法

首先，我们将甲基化数据根据样本类型分为两组。然后，我们计算每个区域的甲基化水平，并将其映射到[0,1]的区间内。接下来，我们采用信息熵来评估每个区域的不确定性。具体来说，对于一个区域，我们将其甲基化水平划分为若干个区间，然后计算该区域中每个区间的概率。最后，我们使用信息熵作为该区域的不确定性度量，这个值越大，表示该区域的不确定性越高。

基于以上的计算，我们得到了每个区域的不确定性值。然后，我们可以使用wilcoxon秩和测试来检验两组样本之间是否存在显著的差异。最后，我们将不确定性值低、wilcoxon测试p值小于0.05的区域定义为差异甲基化区域。

4.研究结果

为了评估QDMR方法的有效性，我们对模拟数据和真实数据集进行了实验。在模拟数据集上，我们比较了QDMR方法和其他几种常见的DMRs鉴定方法，包括DMRcaller、BSmooth和methylKit。实验结果表明，QDMR方法在鉴定DMRs时具有更高的准确性和稳定性。

在真实数据集上，我们对TSCC癌症和正常组织的甲基化数据进行了分析。实验结果表明，QDMR方法能够筛选出与肿瘤状态相关的DMRs，并且这些区域在不同的数据处理方法中也具有一定的稳定性。

5.结论和展望

本研究开发了一种基于信息熵的差异甲基化区域的筛选方法(QDMR)，该方法采用了新颖的思路来评估甲基化数据的不确定性，并且在模拟数据和真实数据集上展示了其高效性和稳定性。未来，我们将继续完善QDMR方法，并将其应用于更广泛的甲基化数据集中，以探索DMRs对基因调控和疾病发生的作用。