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第三章人类基因组学

humangenomics

概述:

第一节人类基因组

基因组(genome):一个生命体遗传信息的总和(单倍体细胞内……)

人类基因组(括:核基因组和mt基因组。通常指…)

2万24种DNA25种DNA

相同：99.99%不同：0.01%;第二节基因组学

基因组学(genomics):在整个基因组的层次上总体研究某一物种的所有基因的结构与功能,以及所有物种细胞的基因组在结构、功能上的异同关系。

结构基因组学：数量位置距离序列

基因组学功能基因组学：表达调控功能

比较基因组学：比较不同物种基因组的异

一、人类基因组计划

（humangenomeproject，HGP)

三大计划

计划的提出及任务

1986RenatoDulbecco;1990.10美国启动该计划30亿美元15年

最初目标：1）构建人类基因组遗传图和物理图。2）确定人DNA全部核苷酸序列。3）定位全部基因。4）对其他生物进行类似研究。

93年，增人类基因组的鉴定和分离。

98年，增基因组多样性、强化功能基因组的研究。

参与研究者

美、英、日、法、德、中、私人企业、研究公司、制药集团。;HGP的意义

理论意义：测序基因数基因功能

医学意义：提供一个可资借鉴的正常人类基因信息库先知先觉……

产前基因诊断…..

治疗……

药学意义“对因下药”

附:我国水稻基因组研究

2002,4,4,中科院《Science》绘制完成水稻基因组序列

总数：46022-55615

打破“生命越高级，基因数越多”的误区。

;基因组作图和DNA测序

概述HGP任务：构建遗传图、物理图、确定DNA序列、定位基因

基因组作图（genomemapping）：将基因组这一巨大研究对象分解成较易操作的小的结构区域，分析研究。

（一）遗传图（geneticmap）或连锁图（lingkagemap）

将每条染色体上的基因或遗传标记的相对位置经连锁分析确定下来构成的图。

经计算连锁的遗传标志间的重组率，确定基因的相对距离，用厘摩表示（centrimorgan，cM），1厘摩（cM）=减数分裂时两个基因间重组率为1%。

例：A和B间的重组率为2…

连锁图;绘制遗传图需用多态性(遗传)标志

第一代遗传标志（1975）

限制性酶切片断长度多态性(restrictionfregmentlengthpolymorphism,RFLP)

此类标志较少,多态信息低，应用受限。

例：;

第三代遗传标志：即单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）（1996）

SNP定义：基因组中某一碱基的变异，频率大于1%。

数量多（300多万），覆盖密度高。

作用：用于遗传作图；多样性研究；识别、定位疾病相关基因。

;（二）物理图（physicalmap）

即确定各遗传标志之间的物理距离的图谱，以碱基对数量表示（bp，kb，mb（兆碱基））。

物理图含两方面含义：

其一：指以一段已知核苷酸序列的DNA片段（即称为序列标签部位，sequencetaggedsite,STS）为“位标”，以Mb或Kb作为图距的g图.例：

对STS的要求：

（1）在g组中有明确的位置

（2）一段已知的序列，可用PCR扩增的单拷贝序列。;其二：在以上基础上构建覆盖每条CS的大片段DNA邻接克隆系（contig）;构建物理图时，先用限制酶将染色体DNA切成一个个片段，将之插入载体进行克隆化。

这些载体包括：

（1）酵母人工CS（yeastartificialchromosome,YAC）插入片段长度：0.5~2个Mb大片段.

（2）细菌人工CS（bacterialartificialchromosome,BAC）插入片段:80~300kb

（3）P1噬菌体（bacteriophageP1）插入片段,最大125kb.

（4）P1来源的人工CS（P1-deriverd~,PAC）插入片段,300kb

多用BAC构建克隆，然后对BAC克隆逐一测序。

将随机长度的DNA片断在染色体上的排列顺序确定下来。这些克隆DNA片断连接起来，形成重叠克隆群（Conting），再将一个个（Conting)相连成线状，覆盖整个染色体。;（三）序列图（sequencemap)