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北京科技大学
环境工程
微生物学
李冰副教授
微生物的鉴定与群落结构
环境微生物的鉴定
传统方法鉴定微生物
需要对微生物进行分离培养、纯化、染色反应，对个体、菌
落形态特征的观察、生理生化反应特征以及免疫学特性。然后
按分类鉴定手册检索该微生物属种名。整个过程很费时。
Biolog微生物鉴定系统
建立了每种微生物的特征代谢数据库（95种反应）；
鉴定时通过智能软件将待鉴定微生物的表型与数据库参比，即可得出鉴
定结果（好氧、厌氧菌、酵母、真菌）。
优点：简单、快速；
缺点：数据库有限；鉴定结果的准确性需进一步验证。
GENⅢ鉴定板
Biolog微生物鉴定数据库容量是目前世界上最大的，可鉴定
包括细菌、酵母和丝状真菌在内总计2700多种微生物，几乎涵盖
了所有的人类、动物、植物病原菌以及食品和环境微生物。
◼好氧细菌1380多种
革兰氏阴性菌626种
革兰氏阳性菌762种
◼厌氧菌361种
◼酵母267种
◼丝状真菌708种
Biolog鉴定步骤：
分离纯化菌株
平板扩大培养
制备菌悬液
接种和培养鉴定板
读取鉴定结果
Biolog鉴定软件界面
软件能对颜色及浊度进行自动补偿，可排除视觉判断的主观差异。
传统鉴定方法和Biolog均是基于细菌培养的方式进行鉴定，但环境中可培养
微生物的比例很低。
现代微生物鉴定技术
20世纪60年代开始至今，16SrRNA序列分析、高通量测序、基因探针等
综合检测技术加快了鉴定工作的速度。随着微生物基因序列数据库的日益完
善，这些技术成为微生物分类和鉴定极有力的工具。
（1）16SrRNA序列分析
16SrRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA，这段RNA序列在不同
细菌中的结构、功能都具有高度保守性。
提取16srRNA基因片段克隆测序获取16srRNA序列信息数据库比对
菌种鉴定将测出的16srRNA序列与数据库（BlAST）比
对BLAST是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）
开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。
/BLAST/
基于PCR技术的群落信息分析方法
◼变性梯度/温度梯度凝胶电泳技术（DGGE）
◼限制性片段长度多态性技术（RFLP）
◼末端限制性酶切长度片段多态性技术（T-RFLP）
◼单链构象多态性技术（SSCP）
◼随机扩增多态性DNA技术（RAPD）
◼实时荧光定量PCR技术
◼PCR-高通量测序
◼……
基于PCR技术的群落信息分析方法
方法：DNA提取；酶切；电泳或测序
◼DGGE
群落多样性分析
◼RFLP
功能种群结构动态变化
◼T-RFLP
规律研究
◼SSCP
优势种群识别
◼RAPD
◼PCR-测序新基因的发现
◼RT-qPCR
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