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繁殖及特殊生殖细胞大部分通过裂殖或出芽方式繁殖连锁体（hormogonia，也叫链丝段)丝状蓝细菌断裂形成的短片段异形胞(heterocyst)特化的，丝状菌中厚壁，较大，具固氮功能的细胞.内孢子(baeocytes)由多分裂形成当外壁破裂形成的一种小的球状细胞一些以滑行方式移动鱼腥蓝细菌异型胞蓝细菌生态耐极端环境嗜热性种类能够在高达75°C的环境中生长通常是初级定植者在富营养化的池塘和湖泊中引起水华部分会产生毒素常形成共生关系例如，是大部分地衣的光合作用伴侣经济菌种发菜(Nostocflagelliforme)，地耳(N.commune)钝顶螺旋藻(Spirulinaplatensis)，极大螺旋藻(S.maxima)蓝细菌的主要类群螺旋体
(Spirochaetes)分类学位置螺旋体门1纲，1目，3科螺旋体科钩端螺旋体科小蛇菌科一般特征G-，单细胞，裂殖细长：直径0.1-3um，长5-250um弯曲成螺旋状有G-细胞壁，柔软原生质体，有外鞘，内有2-100根鞭毛构成的轴丝，从两端伸出在中间重叠主要类群分布腐生污水污泥、垃圾中螺旋体属，纤线菌属等共栖人、动物、软体动物消化道脊螺旋体属寄生密螺旋体，梅毒疏螺旋体，回归热螺旋体钩端螺旋体苍白密螺旋体达氏疏螺旋体问号钩端螺旋体立克次氏体
（Rickettsia）美国病理学家立克次H.T.Ricketts,1871-1910分类地位隶属于变形菌门，α-变形菌纲伯杰氏手册第二卷包括一个纲，一个目，四个科，６个属立克次氏体属（Rickettsia）被研究比较透彻原核生物分类网站EZTaxon古生菌
(Archaea)古生菌的细胞壁能染成革兰氏阳性和阴性阳性染色–通常为均匀的由聚多糖构成的厚层阴性染色–表层的主要成分为糖蛋白或脂蛋白等，结构变化大化学成分(与细菌不同)含有聚多糖，糖蛋白或脂蛋白质，无肽聚糖一些含有假肽聚糖类物质（肽聚糖样聚合体）对溶菌酶和b-内酰胺抗生素具有抗性假肽聚糖类物质PseudopeptidoglycanN-乙酰葡糖胺N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸（N-乙酰胞壁酸）(1-4)糖苷键古生菌的脂质和质膜细菌（Bacteria）脂肪酸与甘油通过酯键连接古生菌（Archaea）醇与甘油通过醚键相连一些具有二甘油四醚真核生物和细菌中具有典型的磷脂古生菌的细胞质膜bilayermembranemonolayermembrane
古生菌的
细胞质膜
分子遗传学染色体每个细胞含一个染色体闭合环状双链DNA通常比细菌染色体小一些具有组蛋白与DNA结合形成核小体样结构DNA复制蛋白与真核生物的蛋白相似质粒很少mRNA可能为多基因未发现有RNA拼接.启动子(promoter)与细菌启动子相似tRNA具有细菌和真核生物tRNA所没有的修饰碱基核糖体(ribosome)70S形状多变，与细菌和真核生物都不同延伸因子EF-2与真核生物相似古生菌的代谢了解比较少具有有机营养，自养和光养等营养型具有细菌和真核生物蛋白分泌系统的特征古生菌的系统发育古生菌(Archaea)2个门8个纲12个目methanogenshalobacteria古生菌的主要类群几种产甲烷古细菌放线菌
(Actinomyces)放线菌门(Actinobacteria)(G+C)mol%高，革兰氏阳性BMSB第四卷包括1个纲，放线菌(Actinobacteria)；5个亚纲；6个目；14亚目；44个科放线菌的一般特征G+，形态多样杆状，简单分支Nocardia，Mycobacteria分枝菌丝和分生孢子基内菌丝气生菌丝孢子丝通常不运动有些孢子有鞭毛，能运动大多好氧substratemycelium基质菌丝分生孢子(conidiospore)孢囊孢子(sporangiospore)Thallus菌体或原植体–(一些放线菌聚集形成的组织样结构)Nocardiaasteroides星状诺卡氏菌放线菌的形态结构链霉菌(Streptomyces)的形态和生命周期链霉菌(Streptomyces)孢子丝的形态链霉菌(Streptomyces)孢子的形态和排列Micromonospora小单孢菌属Micropolyspora小多孢菌属Actinoplanes游动放线菌属Streptosporangium孢囊链霉菌属链霉菌(Streptomyces)
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