“能饲一号”甜高粱BIBAC文库的构建与分析的开题报告.docxVIP

“能饲一号”甜高粱BIBAC文库的构建与分析的开题报告

一、研究背景和意义：

甜高粱（SorghumbicolorL.Moench）是一种重要的粮食作物，具有高耐旱性、适应性强、育种性能强等特点。甜高粱的研究主要集中在育种、分子生物学等方面，但对于其基因组学研究还有很大的空间。由于甜高粱基因组的复杂性和多样性，对甜高粱基因组进行研究对于推动甜高粱育种发展、揭示甜高粱的基因组结构和进化等方面具有重要的意义。

能饲一号是甜高粱的一个重要品种，在生产中具有广泛的应用价值。能饲一号甜高粱BIBAC文库是从能饲一号甜高粱品种的幼叶中制备的，具有较高的复杂度和覆盖率，是甜高粱基因组研究的重要资源。

二、研究内容和目标：

本研究旨在构建能饲一号甜高粱BIBAC文库，并对其进行分析和评估，探究甜高粱的基因组结构和进化。具体研究内容如下：

1.甜高粱BIBAC文库的构建；

2.对甜高粱BIBAC文库进行质量评估；

3.应用BAC-End序列方法对甜高粱基因组进行序列分析；

4.基于甜高粱BIBAC文库进行分子标记开发以及定位候选基因；

5.探究甜高粱的基因组结构和进化。

三、研究方法：

1.能饲一号甜高粱BIBAC文库构建：将能饲一号甜高粱品种的幼叶DNA制备成高分子量DNA，并进行限制酶切割。将切割后的DNA片段插入到含有大肠杆菌宿主的BAC向量中，通过电转化将重组BAC文库转化至大肠杆菌中保存，最终获得含有大量BAC载体的甜高粱BIBAC文库。

2.对甜高粱BIBAC文库进行质量评估：通过PCR、限制性酶切割、Southern印迹等方法对文库进行质量评估，确定文库的复杂度和覆盖率。

3.应用BAC-End序列方法对甜高粱基因组进行序列分析：对甜高粱BIBAC文库进行BAC-End测序，获得BAC亚克隆的两端序列信息，利用序列比对软件将序列拼接，成为更长的连续序列，从而获得更精确的亚克隆片段。

4.基于甜高粱BIBAC文库进行分子标记开发以及定位候选基因：利用BAC亚克隆序列信息开发分子标记，通过分子标记和BAC库之间的比对进一步确定标记的物理位置，确定其与特定性状之间的关联关系。

5.探究甜高粱的基因组结构和进化：基于甜高粱BIBAC文库的序列信息对甜高粱的基因组结构和进化进行分析，揭示甜高粱基因组中的同源基因、基因家族和基因重组等方面的信息。

四、研究计划：

本研究计划历时两年，主要进展如下：

1.第一年（2022年）：进行甜高粱BIBAC文库构建，开展文库质量评估，并进行BAC-End测序和分子标记开发。

2.第二年（2023年）：根据第一年的研究结果，深入开展甜高粱BIBAC文库的序列分析，并探究甜高粱基因组的结构和进化。

五、预期结果和成果：

本研究预计能够构建高质量的能饲一号甜高粱BIBAC文库，并通过对文库进行分子标记开发、基因定位、基因组结构和进化分析等方面的研究，揭示甜高粱个体基因组及种群基因组的结构和进化过程，并获得一系列与甜高粱重要农艺性状相关的候选基因和分子标记，为甜高粱育种技术的改良和优化提供基础。同时，本研究还可为甜高粱基因组研究提供新的思路和方法，为其他作物基因组学研究提供参考。