9-基因家族分析【兰州大学生物信息学】.pptVIP

总结鉴定进化分析功能鉴定基因数目必须全面假基因，注释错误的基因先进行基因家族的分类重点看扩增的基因和序列差异的基因一个分枝上的基因功能相似对关键基因进行重点分析例一R2R3-MYBgenepairsinPopulus:evolutionandcontributiontosecondarywallformationandfloweringtime.JournalofExperimentalBotany例一例二Differentialevolutionofmembersoftherhomboidgenefamilywithconservativeanddivergentpatterns.NewPhytologist对于数量少的基因家族，适合分析基因起源，扩张和丢失例三SubcellularRelocalizationandPositiveSelectionPlayKeyRolesintheRetentionofDuplicateGenesofPopulusClassIIIPeroxidaseFamily.PlantcellGenomicinsightsintosaltadaptationinadesertpoplar.NatureCommunications例四TheresurrectiongenomeofBoeahygrometrica:Ablueprintforsurvivalofdehydration.PNAS常用数据库拟南芥数据库：功能查找植物基因组下载同源基因及表达量转录因子数据库分析思路数量的扩张和收缩基因结构的变化功能分析鉴定进化树分析染色体定位共线性分析基因起源分析外显子内含子内含子相位Domain和Motif启动子区域可变剪切选择的计算特殊基因扩张的基因各个分支有结构差异的基因Cds序列蛋白序列*注释错误的基因；聚到一个分支上的基因一般具有相似的功能*多物种的进化树可以发现基因家族的最早起源*基因在染色上的分布，基因的起源方式（串联重复）*基因之间的连锁方式，基因的起源方式**大的基因家族通过外显子数量预测家族起源**?#?本节内容结束基因家族进化分析主要内容二、如何进行分析A基因数量的分析:1.进化树分析2.染色体定位3.共线性分析4.起源方式B基因结构的变化1.外显子内含子2.内含子相位3.Domain和Motif4.启动子区域5.可变剪切6.选择的计算C功能分析1.功能预测分析2.表达量一、什么是基因家族1.鉴定方法2.基因命名3.进化树构建三、综合类分析基因家族，转录组，基因组和实验互相组合基因家族：是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物，同一家族基因可以紧密排列在一起，形成一个基因簇，但多数时候，它们是分散在同一染色体的不同位置，或者存在于不同的染色体上的，各自具有不同的表达调控模式。一基因家族A?Genefamily?isasetofseveralsimilargenes,formedbyduplicationofasingleoriginalgene,andgenerallywithsimilarbiochemicalfunctions1.1基因家族鉴定序列相似性Blast鉴定：找出已有的或者鉴定好的基因或具有某功能的基因（拟南芥）用这些基因对你所需物种进行blast（evalue=1e-5）对blast得到的序列进行手工校对Domain相似性鉴定：找到你要鉴定的基因家族的domain（Pfam）根据domain对物种基因组进行Search(HMMer)对得到序列进行手工校对1.2基因家族命名根据所在染色体位置命名根据已有命名的同源基因命名1.3建树A:建树时物种选择1.根据你的研究目的选择物种2.很大的基因家族，可以少选几个物种或只选一个物种进行分3.基因数量比较少或者比较小的基因家族（10个基因以内