猪病原微生物检测高通量靶向测序法.pdf

猪病原微生物检测——高通量靶向测序法

1范围

本文件规定了高通量靶向测序技术在猪病原微生物鉴定的应用推荐与相关要求，包括靶向测序的

适应证、不同猪病原微生物联合鉴定组合推荐、靶向测序技术介绍、测序结果报告解读要求、病原检出

与诊断规范等。

本文件适用于猪病原微生物的高通量靶向检测。

本文件适用于规范高通量靶向测序在猪病原微生物检测中的应用，指导有关高通量靶向测序在兽

医临床中的研发、定价和推广。

本文件适用于兽医临床领域中涉及高通量靶向测序项目研发和应用的猪养殖场和猪屠宰场、高等

院校兽医实验室、第三方检测机构、技术研发企业等。

本文件不适用于单分子测序技术。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，

仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本

文件。

GB16548病害动物和病害动物产品生物安全处理规程

GB/T30989-2014高通量基因测序技术规程

GB/T35537-2017高通量基因测序结果评价要求

GB/T35890-2018高通量测序数据序列格式规范

GB/T40171-2021磁珠法DNA提取纯化试剂盒检测通则

GB/T40664-2021用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求

YY/T1723-2020高通量基因测序仪

NY/T541-2016兽医诊断样品采集、保存与运输技术规范

中华人民共和国国务院令第424号病原微生物实验室生物安全管理条例

中华人民共和国农业部公告第302号兽医实验室生物安全技术管理规范

中华人民共和国农业部公告第503号高致病性动物病原微生物菌（毒）种或者样本运输包装规范

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

高通量靶向测序TargetedHigh-throughputSequencing

高通量靶向测序英文是TargetedHigh-throughputSequencing。基本工作流程包括样品采集、核酸提

取，而后通过PCR扩增手段富集样品核酸中的靶向序列，通过对富集对靶标区域进行测序最终实现多

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种靶标基因共检，而后经生信分析从而完成检测。

3.2

序列Sequencing

高通量靶向测序需要进行测序文库构建，包括样品前处理、核酸提取、接头连接及靶向片段文库扩

增等，最终构建的文库在高通量测序平台上进行测序，得到数据的碱基序列称为序列。

[注：改写GB/T35890-2018高通量测序数据序列格式规范定义3.6]

3.2.1

序列的读长Readlengthofsequencing

指测序反应所能测得序列的长度，是影响分析准确度的重要因素。最大读长取决于所选的测序平台

以及靶向扩增区域的长度。通常在检测报告中显示的序列数为某基因的特异序列条数。

[注：改写GB/T30989-2014高通量基因测序技术规程定义3.24]

3.3

测序深度Sequencingdepth

指在一次高通量靶向测序试验中对特定靶向基因组区域的测序覆盖度。通常以×倍为单位来表示，

如100×表示该基因组的特定靶向区域的碱基被测序100次。

[注：改写GB/T30989-2014高通量基因测序技术规程定义3.31]

3.3.1

平均测序深度Meandepth

指针对特定靶向检测区域测序所得的碱基总数除以该区域的长度。

[注：改写GB/T30989-2014高通量基因测序技术规程定义3.32]

3.3.2

有效平均测序深度Mappeddepth

指去重后的平均测序深度。

3.4

相对丰度Relativeabundance和绝对丰度Absoluteabundance

相对丰度是指比对到的某病原基因的序列数占该病原所有基因总序列数的百分比。绝对丰度是指

比对到的某病原基因的序列数占总数据量的百分比。

3.5

序列比对Sequencingmapping

将两条或者两条以上的测序序列进行匹配，确定最