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全基因组测序技术的原理与分析

近年来，全基因组测序技术成为了基因研究的主要手段之一，

其在医学、农业、动植物基因遗传与演化等领域都得到了广泛的

应用。本文将围绕全基因组测序技术的原理和分析方法进行探讨。

一、全基因组测序技术的原理

全基因组测序技术是指将包括人类、动物或植物在内的所有生

物体的基因组中的所有DNA序列拍摄下来的过程。通俗来讲，就

是把所有的基因序列测出来。

全基因组测序技术的基本原理是DNA测序。DNA测序是指通

过化学或物理手段进行段扩增后测出DNA的碱基序列。DNA测

序技术的发展经历了多个阶段，从早期的Sanger测序法到最新的

NextGenerationSequencing（NGS）技术。下面将分别介绍这些技

术的原理。

1、Sanger测序法

Sanger测序法是最初的DNA测序技术，也称为链终止法或二

进制测序法。它是通过在PCR扩增过程中使用针对DNA模板的

脱氧肌酸毒素（ddNTPs）来终止DNA链合成，再通过电泳分离

产生不同长度的DNA片段，不断重复这个过程来得到DNA序列

信息。Sanger测序法可获得准确的序列信息，但需要大量的时间

和财力。因此，它在测序突变等小范围的DNA变化方面还有广泛

应用。

2、NextGenerationSequencing（NGS）

NGS技术是一系列基于核酸混合液的建立DNA大量复制，检

测与测序的技术，包括IlluminaSolexa、Roche454、IonTorrent

PGM、PacificBiosciencesSMRT等。NGS技术的原理是将DNA

片段规整至少数百份，将单个片段子剖成只有50-100碱基长度的

小片段，多次抽取这些小片段进行测序。

NGS技术与Sanger技术相比较，具有更快的处理速度和较低

的成本，且它可以同时检测大量的DNA序列。但由于NGS技术

测序错误率较高，因此对于数据的分析和解析也更加复杂。

二、全基因组测序技术的分析

全基因组测序技术的数据分析和解读是后测序分析中一个非常

关键的步骤。数据分析的基本流程是：首先将原始数据进行QC，

去除低质量样本或序列，并进行组装、比对、注释。

1、质控

数据质量的控制主要是通过质量控制（QC）来完成。QC流程

包括测序数据评估、读数过滤以及物理复制。

2、组装

基于全基因组测序所得到的测序数据大多具有高度分散性，因

此需要将原有的测序数据重组合并成较长的连续序列。任何一个

组装方法都需要考虑到两个关键问题：连接数据转换率以及成本

和准确性之间的平衡。通过组装原有的测序数据重组合并成较长

的连续序列，可以方便地进行后续端到端操作和注释。

3、比对

比对是将测序数据与已建立的参考基因组数据进行相互比较的

处理过程。全基因组比对的主要目的是基因叙述、基因结构揭示

和基因组重构等。主要方法包括：零散性比对、软件比对、基于

质量的比对、基于序列模式的比对以及基于高复杂度序列的比对

等。

4、注释

全基因组注释的主要目的是对比对到的测序数据进行标记化处

理，以解读其在生物学上的潜在信息。注释的内容包括基因定位、

基因结构和序列功能的预测等。

三、全基因组测序技术的应用

全基因组测序技术在医学、农业、动植物基因遗传演化等领域

广泛应用。在医学领域，全基因组测序技术在诊断、预测和预防

疾病等方面都得到了广泛应用，如帕金森病、癌症等。在农业领

域，全基因组测序技术的应用可以繁育新品种，提高粮食生产效

率等。在动植物基因遗传演化领域，全基因组测序技术可以对基

因系统、分子生境适应性、遗传变异、物种分化等进行深入研究。

总体而言，全基因组测序技术的推出为生命科学领域的发展提

供了一种全新而即时的工具。在我们今后的工作和研究中，全基

因组测序技术的应用将会越来越广泛，并且有可能帮助我们通过

人工干预改变人类基因及生命历程。