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基因水平上的靶标发现与验证杨高rugtargetseqr:agenomics-andcrispr-cas9–basedmethodtoanalyzedrugtargetsnaturechemicalbiology|vol10|august2014

药物靶标是寻找药物的基础在过去的几个世纪中，人们很大程度上是依赖目前已知的五百多个药物靶标来发现药物。基因组研究表明，人类有3～4万个基因和更多的蛋白质，其中许多蛋白质是控制人类疾病的潜在的药物靶点，因此至少有9/10的药物靶点蛋白尚未被发现。发现并验证药物新靶标对阐明疾病原因、药物作用机制具有重要意义，是产生“重磅炸弹”式创新药物的源头。近年来，随着基因组学、蛋白组学、生物信息学的快速发展，以及RNA干扰、噬菌体展示等新兴技术的出现，新的药物靶标搜寻和验证方法不断出现。因此，本文拟从基因水平、转录水平和蛋白水平，就药物靶标发现和验证技术的研究进展作一综述。

药物靶标的发现与验证技术靶标发现验证基因水平转录水平蛋白水平

基因水平基因芯片基因数据库基因敲除技术

基因芯片技术基因芯片技术基因芯片技术是在微小的基片表面集成了大量的分子识别探针，应用已知核酸序列作为探针与互补的靶核苷酸序列杂交，通过随后的信号检测进行定性与定量分析。基因芯片技术可以同时筛选、鉴别药物或疾病相关基因，同时将这些基因与之功能联系起来，因此在药物靶标发现和验证过程中是一个强有力的工具。但是由于芯片技术本身尚不十分成熟，在大量数据处理之后还需要大量的验证工作;它反映的是mRNA表达水平，而这未必与蛋白表达和功能一致，这使它在药物靶标发现和验证领域的应用受到一定限制。虽然如此，仍有许多成功应用的例子。此外，基因芯片技术在阿尔茨海默病、帕金森病、恶性肿瘤等疾病的药物靶标研究中也发挥了很大作用。

举个栗子drugtargetseqr:agenomics-andcrispr-cas9–basedmethodtoanalyzedrugtargetToidentifyphysiologicaltargetsofdrugsandbioactivesmallmolecules,wedevelopedanapproach,namedDrugTargetSeqR,whichcombineshigh-throughputsequencing,computationalmutationdiscoveryandclusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats(CRISPR)-Cas9–basedgenomeediting.WeappliedthisapproachtoispinesibandYM155,drugsthathaveundergoneclinicaltrialsasanticanceragents,anduncoveredmechanismsofactionandidentifiedgeneticandepigeneticmechanismslikelytocausedrugresistanceinhumancancercells

为了确定生理药物和生物活性小分子的靶标，他们开发了一个办法，叫DrugTargetSeqR，它结合高通量测序,以(CRISPR)-Cas9为基础,定期计算发现集群中间短回文的重复序列,进行基因组编辑。我们这种方法应用于作为抗癌剂的药物ispinesibYM155进行临床试验。发现和确定可能导致人类癌症细胞耐药的表观遗传作用机制。THEN

癌细胞感兴趣的药物耐药克隆测序多次重复出现的突变基因编辑

测试比较正常的不同组织细胞中基因的表达模式分析了ispinesibkinesin-5（驱动蛋白-5抑制剂）ispinesibkinesin-5抑制剂的结构Ispinesib是一种有效的,特异性的,可逆的kinesinspindleprotein(KSP)(纺锤体驱动蛋白)抑制剂

研究正常组织与病理组织基因表达差异母株与子株一定程度上的基因表达存在差异关注可能带来耐药性的基因突变方法的核心是寻找最频繁突变的“独立”基因,这些基因可能会药物的直接表达目标。

建立病源基因表达模型，确定靶标。分析ispinesib是否足以赋予抵抗已经识别的驱动蛋白-5突变中的任何一个。使用CRISPR-Cas9“切口酶”系统和同源性定向修复（HDR）。作为HDR可以是低效的，可选择的标记物被用于获得细胞所需的基因突变。我们推测，药物本身