PBS 脚本实例说明.docx

PBS 脚本实例说明

【摘要】本文主要通过一个算例来详细描述PBS脚本。以下为提交wrf作业的脚本实例，解释说明部分用##开头和结尾。此PBS脚本表明本次提交的作业申请计算资源为2个计算节点，每个计算节点12个cpu核，内存为24G，其中红色部分，用户可根据具体需要进行修改。

#PBS-Nwrf

##（#PBS表示PBS指令，以#PBS开头；-N为PBS指令参数，用于指定提交作业名称，wrf表示作业名）。##

#PBS-lnodes=2:ppn=12

##(#PBS表示PBS指令，-l为PBS指令参数，表示申请资源列表；nodes=2:ppn=12表示申请2个节点，每个节点12个cpu核，之间用分号隔开。注意与输入文件保持一致)##

#PBS-joe

##(#PBS表示PBS指令，-j为PBS指令参数，表示合并标准输出和标准错误输出至同一个文件；o表示标准输出文件的路径，e表示标准错误输出的路径，缺省的情况下，PBS系统把标准输出和标准错误输出放在用户提交作业的目录下。)##

#PBS-lwalltime=1000:00:00

##(#PBS表示PBS指令，-l为PBS指令参数，表示申请资源列表；walltime为估计最大运算时间，1000:00:00表示设为1000小时0

分0秒。若没有设置这项，系统会自动按所在队列默认处理，超时系统会自动中断作业。)##

nodecpu=`cat/proc/cpuinfo|grepprocessor|wc-l`

##(反引号内的意思为计算系统可用的cpu核数目，然后赋值给变量nodecpu。反引号即键盘左上角与“~”在同一键上的符号，英文为Bida=ck`queoctheo)##$PBS_JOBID|awk-F.{print$1}`

##（定义作业ID号）##

NP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l` ##（计算申请的cpu核数目，并后赋值给变量NP）##

echoTheJobbedis$id

echoWorkerdiris$PBS_O_WORKDIRechoExcutingHostsisflowing:

cat$PBS_NODEFILE

echobegintimeis`date`

if[$NP-lt$nodecpu];thensharecpu=$NP

elif[$(($NP%$nodecpu))==0];thensharecpu=$nodecpu

else

echoError:ifcpunumberislargerthan$nodecpu,itshouldcanbedividedby$nodecpuexactly!!exit-1

fi

##（这段为if...elif;then选择语句，意思是当所需的cpu核个数小于系统可调用的cpu核数时，调用计算所需的cpu核个数。否则 ）##

cd$PBS_O_WORKDIR ##(进入工作目录)##

mpirun-np$NP-hostfile$PBS_NODEFILE(绝对路径)/wrf.exe