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宏基因组高通量测序技术在革兰阴性菌耐药表型检测中的研究进展

（全文）

摘要

耐药细菌感染的不断蔓延对公共卫生安全构成重要威胁，早期诊断和目标

治疗是治疗成功的关键。传统细菌培养及药物敏感性检测耗时长、敏感性

不高，无法满足临床诊治需求，高通量测序等分子检测技术成为新的发展

方向。本文对近年来有关高通量测序在革兰阴性菌耐药诊治中的进展做一

综述。

细菌耐药现象日益常见且已成为全球公共卫生安全最大威胁之一［1］。临

床实践过程中，广泛耐药革兰阴性菌（extensivelydrugresistant

Gram-negativebacilli，XDR-GNB）作为院内常见复杂耐药菌受到关注，

肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌耐药现象尤为严重，已出现

对所有抗菌药物耐药的超级菌种［2,3,4,5,6］。感染性疾病的精准治疗

成为临床迫切要求。目前传统的细菌检测手段普遍存在耗时长、敏感性不

高等不足，经验性使用广谱抗菌药物是初始抗感染治疗的常用方案。经验

性抗感染治疗常导致药物的不恰当使用，不仅延误治疗，也会加重耐药现

象。传统细菌及其耐药检测手段已无法满足现今医疗需求，寻找新的快捷、

简便检测手段成为了迫切需求，分子检测手段就此进入舞台［7,8］。

一、常见耐药检测方法

antimicrobialresistance，AMR）检测目前主要包括

细菌耐药表型检测及细菌耐药基因分子检测。耐药表型检测技术主要为传

统的抗微生物药物敏感性试验（drugsusceptibilitytesting，DST）。DST

是体外定性或定量测定抗菌药物抑制或杀灭细菌能力的实验。其常见方法

包括稀释法（包括琼脂稀释法和肉汤稀释法）、纸片扩散法、梯度扩散法

和自动化仪器法。细菌耐药基因分子检测技术是通过检测存在的耐药基因

来推断耐药表型的方法，包括多重PCR检测及高通量测序检测。高通量测

序（nextgenerationsequencing，NGS）是一种可以同时对数十万到数

百万条DNA分子序列进行读取的测序技术。NGS在临床中的应用越来越

广泛，其中全基因组测序（wholegenomesequencing，WGS）和宏基

因组高通量测序技术（metagenomicnextgenerationsequencing，

mNGS）是较为常用的测序技术［9,10］。

DST是临床检测病原体是否存在耐药的主要手段，是确诊耐药病原体感染

的“金标准”，但DST在细菌耐药检测方面仍有不足。首先，DST耗时长，

临床无法快速获得细菌耐药信息，可能延误疾病诊疗［11］。其次，DST

在药物选择上存在偏倚性及滞后性。部分限制级抗菌药物（如多黏菌素、

替加环素及头孢他啶-阿维巴坦）或新型抗菌药物不在常规DST目录中，

只在患者疾病始终无法控制或者药敏显示全部耐药时补充纳入检测。最后，

传统DST检测无法辨别耐药机制。部分耐药体外试验条件下可能显示敏感

而临床实际显示耐药，导致耐药检测假阴性。通过检测耐药基因可能将体

外表型阴性的耐药株筛选出来，故可以科学指导抗菌药物选择，避免重复

DST获得的药物体外高敏感不

一定可以代表体内高敏感［12］。分子检测如高通量测序则可以在一定程

度上弥补这些缺陷来指导抗菌药物的精准使用［13］。

二、测序技术在耐药基因检测中的应用

高通量测序技术在临床的运用主要包括3种类型：WGS，mNGS及靶向

基因测序（targetednext-generationsequencing，tNGS）。WGS与

mNGS同属于无靶向的高通量测序。

WGS和mNGS均可用于微生物识别。二者不同之处在于WGS是对标本

培养分离后的纯菌落进行基因