生物化学与分子生物学八课件26市公开课金奖市赛课一等奖课件.pptx

第二十五章

基因结构分析基本策略;主要内容：

第一节基因序列结构生物信息学检索和比对分析

第二节基因转录起始点鉴定

第三节启动子结构及功效分析

第四节编码序列结构分析;第一节

基因序列结构生物信息学检索和比对分析;就是在数据库中对基因序列或DNA序列进行比对分析，以其能够推测出其结构、功效及在进化上联系.

比对办法：

1.双重比对

2.多序列比对;序列比对结果：

取代

插入

缺失;NCBI数据库;第7页;1.各种数据库简介;(2)Genome;(4)Taxonomy;(7)文献数据库;2.NCBI数据库检索;比如：人EPO基因序列检索;向下拉寻找符合目的条目;点击此条打开连接;向下拉寻找关注内容;但凡连接地方都能够点击查看;Entrez：

是一个用以整合NCBI数据库中信息搜寻和检索工具;Entrez:;BLAST:;BLAST程序;点击核酸序列blast，在框内输入序列：;选择搜索条件：;选择特殊程序：;比较两个序列之间相同性：;以上仅简介了NCBI相关数据库及工具软件关于其它数据库及软件工具等信息见书中第二十五章表1-5。;第二节

基因转录起始点鉴定;主要内容：

一、基因转录起始点序列特性

二、基因转录起始点序列分析;一、基因转录起始点序列特性;II型启动子TSS：

没有明确保守序列

有一个趋势，即mRNA第一个碱基是A，其侧翼碱基倾向于是嘧啶

与mRNA第一个碱基相应位置标识为-1区

-3~+5区域被称作起始子(initiator);二、基因转录起始点序列分析;1.cDNA克隆测序;2.cDNA末端快速扩增技术(RACE);Deep-RACE：;5?-RACEadaptor;3.连续分析基因转录起始点;(1)5′SAGE;Gppp;;(2)CAGE;AAAAAAn;;第三节

启动子结构及功效分析;主要内容：

一、启动子结构分析

二、启动子功效分析;启动子（promoter）

是一段能被蛋白质辨认、参与特定基因转录调控DNA序列

II型启动子通常位于结构基因上游

共通序列(consensussequence)是其特性性序列;;一、启动子结构分析;（一）利用PCR技术克隆启动子;2.利用TSS钓取启动子;3.利用环状PCR钓取启动子;（二）利用核酸-蛋白质互作办法研究启动子;1.用足迹法研究启动子;（1）酶足迹法(Enzymaticfootprinting);DNaseI足迹法;;（2）化学足迹法(Chemicalfootprinting);1）羟自由基足迹法

（Hydroxylradicalfootprinting）;2）体内基足迹法

（Invivofootprinting）;;2.用电泳迁移率变动试验研究启动子;;3.用染色体免疫沉淀技术研究启动子;（三）生物信息学预测启动子;1.启动子结构特性;2.启动子预测分析;二、启动子功效分析;惯用汇报基因;2.汇报基因应用;启动子捕获技术(promotertrapping)：是一个研究启动子活性筛选办法

基本流程：

构建启动子捕获载体

观测汇报基因表示;第四节

编码序列结构分析;编码序列(codingsequence)：

通常是指能表达在蛋白质氨基酸序列中基因信息;一、基因编码序列结构特性;（一）开放阅读框架;分析一段DNA序列中是否存在ORF：

从理论上说，普通需要对双链DNA序列6种阅读框架进行分析，每一条链分析三种阅读框架

比如：;（二）mRNA选择性剪接序列特性;（三）基因外显子序列特性;二、基因编码序列结构分析;小结：