大肠癌标志物及其应用.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局

(12)发明专利说明书

(10)申请公布号CN105132518A

(43)申请公布日2015.12.09

(21)申请号CN201510640546.8

(22)申请日2015.09.30

(71)申请人上海锐翌生物科技有限公司

地址200050上海市长宁区宣化路300号华宁国际广场南塔27楼

(72)发明人仲文迪刘婉辉郑智俊

(74)专利代理机构北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙)

代理人李志东

(51)Int.CI

权利要求说明书说明书幅图

(54)发明名称

大肠癌标志物及其应用

(57)摘要

本发明公开了一种大肠癌标志物，

包括以下微生物：罕见小球菌属

Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆

状菌Bacteroides。本发明还公开一种利用

大肠癌标志物确定个体状态的方法及装

置。相较于健康个体群体，所称的大肠癌

标志物在大肠癌患者群体中显著富集，能

够作为健康群体和大肠癌患者群体的区分

标志。

法律状态

法律状态公告日法律状态信息法律状态

权利要求说明书

1.一种大肠癌标志物，其特征在于，所述标志物包括以下微生物：

罕见小球菌属Subdoligranulum_4_3_54A2FAA和多形杆状菌Bacteroides；

任选的，所述标志物还包括霍氏肠杆菌Eubacterium_hallii_DSM_3353；

任选的，所述标志物还包括梭菌Clostridium_SS2_1；

任选的，所述标志物还包括瘤胃球菌属Ruminococcus_5_1_39BFAA；

任选的，所述标志物还包括梭菌Clostridium_SS2_1。

2.权利要求1的大肠癌标志物在制备治疗大肠癌的药物和/或在制备功能性食品中的

用途。

3.一种利用权利要求1的大肠癌标志物确定个体的状态的方法，其特征在于，包括：

(1)确定所述个体的粪便样本中的所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰度；

(2)分别将(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度与其在对照组中的丰度

进行比较，依据获得的比较结果确定所述个体的状态，

所述对照组包括一组健康个体的粪便样本和一组大肠癌患者的粪便样本组成，

所述状态包括患有大肠癌状态和不患有大肠癌状态。

4.权利要求3的方法，其特征在于，(1)包括：

获得所述个体的粪便样本中的核酸序列的测序数据，所述测序数据包括多个读段；

组装所述读段，获得基因集，所述基因集包括多个组装片段，所述基因集中的组装

片段为非冗余序列；

确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段；

依据所述测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，其中包括，分

别确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段的丰度；

分别依据所述确定的组装片段的丰度，确定所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰

度。

5.权利要求4的方法，其特征在于，所述确定大肠癌标志物中的各种微生物包含的

组装片段，包括：

将所述基因集中的组装片段分别与所述各种微生物的参考序列进行比对，确定与一

种微生物的参考序列的相似性大于或者等于90％的组装片段来自该种微生物。

6.权利要求4的方法，其特征在于，所述依据测序数据，分别确定所述基因集中的

各个组装片段的丰度，包括：

分别将所述测序数据中的读段比对到所述各个组装片段上，

基于获得的比对结果，利用以下公式确定组装片段的丰度：

组装片段G的丰度Ab(G)＝Ab(USubG/Sub)+Ab(MSubG/Sub)，其中，

Ab(USubG/Sub)＝USubG/Sub/lSubG/Sub，USubG/Sub为唯一

比对上组装片段G的读段数目，lSubG/Sub为组装片段G的长度，

MathMathTextmrowmiA/mimib/mimrowmo(/momsub

miM/mimiG/m