基因芯片课件.pptVIP

1、基因表达分析通过基因芯片检测生物不同发育阶段或病原体不同致病阶段的基因表达情况，可以研究基因的功能及病原的致病机理。Girke等运用基因芯片对拟南芥种子发育过程进行了研究，发现通过基因芯片筛选到的拟南芥2600个基因中,有25％的基因在种子中的表达量是叶子及根的2倍。基因芯片目录概述原理基本步骤制备方法应用优缺点展望一、概述基因芯片（genechip,又称DNA芯片，DNA微阵列），是生物芯片的代表。背景：随着人类基因组计划（Humangenomeproject）的逐步实施以及分子生物学相关学科的迅猛发展，越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定，基因序列数据正在以前所未有的速度迅速增长。然而,怎样去研究如此众多基因在生命过程中所担负的功能就成了全世界生命科学工作者共同的课题。为此，建立新型杂交和测序方法以对大量的遗传信息进行高效、快速的检测、分析就显得格外重要了。基因芯片技术就是顺应这一科学发展要求的产物。概念：基因芯片技术是将大量已知序列的核酸片段有规律地固定在玻璃片、硅片、尼龙膜等各种固体支持物上形成分子阵列，然后与用荧光标记过的核酸样品进行杂交，当样品与基因芯片上对应位置的核酸探针发生互补配对时，可以通过荧光强度来确定探针位置，获得与探针互补的核酸序列，从而获知样品信息。分类有机基因芯片载体基质无机基因芯片基因表达谱芯片使用功能测序芯片诊断芯片高密度芯片探针数量中低密度芯片二、原理基因芯片的原理是将特定的已知核酸序列的cDNA片段或寡核甘酸片段有规律地固定在固相支撑物(硅片、陶瓷或玻璃片等)表面作为基因探针，根据碱基互补配对原则，与用荧光或放射性同位素标记过的DNA或RNA样品进行杂交，通过检测系统的杂交信号进行分析，可以高效快速地检测靶基因的存在量及其变异性。根据需要制备探针利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。固定于支持物上的探针,与标记样品的碱基不互补则探针与样品不能进行杂交通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量。正常高表达低表达通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析从而得到基因的表达水平检测原理以及相关工具由于DNA芯片本身的结构及性质，需要确定杂交信号在芯片上的位置，尤其是大规模DNA芯片由于其面积小，密度大，点样量很少，所以杂交信号较弱，需要使用光电倍增管或冷却的电荷偶连照相机(charged-coupleddevicecamera，CCD)摄像机等弱光信号探测装置。此外，大多数DNA芯片杂交信号谱型除了分布位点以外还需要确定每一点上的信号强度，以确定是完全杂交还是不完全杂交，因而探测方法的灵敏度及线性响应也是非常重要的。工具有：（1）激光扫描荧光显微镜：氩离子激光器，分辨率高，图像质量好；（2）激光扫描共焦显微镜：共焦技术，灵敏度和分辨率较高，扫描时间长，比较适合研究用。现在Affymetrix公司已推出商业化样机，整套系统约12万美元；（3）采用了CCD相机的荧光显微镜：扫描时间短，灵敏度和分辨率较低，比较适合临床诊断用；（4）传感器：实时检测DNA微阵列杂交情况而且具有较高的灵敏度，但由于光纤维束所含光纤数目有限，因而不便于制备大规模DNA芯片。标记物主要有：荧光标记物（最常用）和生物素标记物荧光标记杂交信号的检测方法荧光显微镜可以选择性地激发和探测样品中的混合荧光标记物，并具有很好的空间分辨率和热分辨率，特别是当荧光显微镜中使用了共焦激光扫描时，分辨能力在实际应用中可接近由数值孔径和光波长决定的空间分辨率，而在传统的显微镜是很难做到的，这便为DNA芯片进一步微型化提供了重要的检测方法的基础。生物素标记方法中的杂交信号探测以生物素（biotin）标记样品的方法由来已久，