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高通量测序分析人诱导性多能干细胞分化为神经干细胞后microRNAs的表达变化
汇报人：
2024-01-30
REPORTING
目录
引言
人诱导性多能干细胞分化为神经干细胞
高通量测序技术原理及应用
microRNAs表达变化分析
结果讨论与生物学意义
总结与展望
PART
01
引言
REPORTING
诱导性多能干细胞（iPSCs）具有分化为多种细胞类型的潜能，为疾病模型建立、药物筛选和再生医学提供了重要资源。
microRNAs（miRNAs）是一类非编码小分子RNA，通过调控基因表达参与多种生物学过程，包括细胞分化。
神经干细胞（NSCs）在神经系统发育和损伤修复中起关键作用，其分化调控机制尚不完全清楚。
研究iPSCs分化为NSCs过程中miRNAs的表达变化，有助于揭示细胞分化的分子机制，为相关疾病治疗提供新思路。
分析iPSCs分化为NSCs过程中miRNAs的表达谱变化，鉴定关键调控miRNAs。
采用高通量测序技术检测iPSCs和NSCs中miRNAs的表达水平，通过生物信息学分析筛选差异表达miRNAs，并预测其靶基因和功能。
方法
目的
实验分组
设立iPSCs组和NSCs组，每组至少3个生物学重复。
RNA提取与测序
提取细胞总RNA，构建miRNA文库，进行高通量测序。
细胞培养与分化
采用特定培养基和分化条件诱导iPSCs分化为NSCs。
数据处理与分析
对测序数据进行质量控制、序列比对、表达量计算等处理，采用统计学方法筛选差异表达miRNAs，并进行靶基因预测和功能注释。
PART
02
人诱导性多能干细胞分化为神经干细胞
REPORTING
人诱导性多能干细胞（hiPSCs）是通过重编程技术将体细胞转化为具有多能性的干细胞，具有与胚胎干细胞相似的特性。
来源与制备
hiPSCs具有自我更新能力和多向分化潜能，可分化为多种细胞类型，同时避免了胚胎干细胞的伦理问题。
特性与优势
hiPSCs在再生医学、疾病模型、药物筛选等领域具有广泛的应用前景。
研究与应用
神经干细胞特性
神经干细胞（NSCs）具有自我更新能力和多向分化潜能，可分化为神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞等。
分化过程
hiPSCs向NSCs分化的过程包括多个阶段，涉及细胞形态、基因表达和信号通路的改变。
分化调控
分化过程中的关键调控因子包括转录因子、表观遗传修饰和microRNAs等。
PART
03
高通量测序技术原理及应用
REPORTING
高通量测序（High-throughputsequencing）又称下一代测序（Next-generationsequencing,NGS），能一次对数十万至数百万条DNA分子进行序列测定。
基于边合成边测序（SequencingbySynthesis）的原理，加入改造过的DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP，这些核苷酸是“可逆终止子”，每次只添加一个，利用高分辨率的成像系统捕捉荧光信号，从而读取DNA序列信息。
高通量测序技术具有高通量、高分辨率、高灵敏度等优点，已广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学等领域。
miRNA测序策略主要包括小RNA文库构建、高通量测序和数据分析三个步骤。其中，小RNA文库构建是关键步骤，需要选择合适的接头、逆转录引物和PCR扩增条件等。
microRNA（miRNA）是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA，通过与靶mRNA的3UTR结合，导致mRNA降解或翻译抑制，从而在转录后水平调控基因表达。
实验设计方面，需要考虑样本类型、处理条件、生物学重复和技术重复等因素。同时，为了准确检测miRNA表达变化，还需要选择合适的内参基因或外源性RNA进行标准化处理。
01
02
03
高通量测序产生的原始数据需要经过一系列处理才能用于后续分析，包括去除低质量序列、去除接头序列、去除污染序列等。
质量控制是数据处理的重要环节，可以通过计算序列长度分布、碱基质量分数、GC含量等指标来评估数据质量。
此外，还需要对处理后的数据进行标准化处理，以消除不同样本间的批次效应和技术偏差。常用的标准化方法包括TMM（TrimmedMeanofM-values）和DESeq（DifferentialExpressionanalysisforSequencecountdata）等。
PART
04
microRNAs表达变化分析
REPORTING
数据质量控制
对测序数据进行质量评估，包括碱基质量分数、序列长度分布等，确保数据准确性。
表达谱构建
利用生物信息学方法将测序数据映射到参考基因组上，计算每个microRNA的表达量，构建表达谱。
样品制备与测序
收集人诱导性多能干细胞及分化后的神经干细胞样品，进行总RNA提取、文库构建和高通
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