高深度全基因组测序应用于胎儿结构异常的测试开发和初步实施的专家共识 .pdf

高深度全基因组测序应用于胎儿结构异常的测试开

发和初步实施的专家共识

【摘要】包括染色体数目异常、基因组拷贝数变异、单核甘酸变异、小片段插入

缺失在内的遗传变异是胎儿发育异常和出生缺陷的主要病因.基于二代测序的全

基因组测序(WGS)是新兴的遗传病检测技术，可对上述类型的变异同时进行检测.

近年来，高深度(〉30X)的WGS也在临床上逐渐开展，并被证明是明确胎儿发

育异常遗传学病因的要手段.为进一步推动将WGS用于胎儿异常的产前诊断,

本学组组织专家参考国内外相关指南、共识和研究成果，就WGS的分析流程、报

告建议及咨询内容等形成了以下共识.

【关键词】全基因组测序;产前诊断;专家共识

2%、4%的妊娠中会发生胎儿结构异常.传统的遗传学检查技术，包括染色

体核型分析、荧光原位杂交(fluorescenceinsituhybridization,FISH)拷

贝数变异(copynumbervariation,CV)分析等，在总体上可为30%~40%的

结构异常胎儿提供诊断[1-2].近年来，应用靶向测序、全外显子组测序(whole

-exomesequencing,WES)等二代测序技术(next-generationsequencing,GS)

对胎儿进行遗传学检测的有效性已得到证实.大型队列研究表明，对于结构异常

的胎儿,WES可将染色体核型及CV分析的诊断率提高8.5%、10%[3-5].

然而，仍有相当比例的结构异常胎儿无法明确病因，其原因除胎儿表型不够明确

以及目前对胎儿基因型与表型对应关系的认识存在局限外，还包括靶向测序及W

ES等技术的局限性.高深度全基因组测序(short-readwhole-genomesequenci

ng,srWGS;以下简称为WGS)能够对基因组的全部序列进行覆盖，检测范围更广,

同时能够在一定程度上避免靶向测序与WES因建库等过程而造成的漏检[6-

7].

英国十万人基因组计划等大规模人群研究证实了WGS检测的全面性，加快了

对于罕见病病因的揭示：8-10].在新生儿和儿科领域,WGS的诊断率要高于WE

S以及传统的遗传学检测，所产生的临床效益包括影响对患儿的短期和长期临床

管理、对亲代以及其他家族成员的健康和妊娠管理等[11-12].在产前诊断中,

与常规的染色体分析和WES相比,WGS的应用可望简化检测流程，提高诊断率，提

供更全面的信息以评估胎儿患遗传病的风险，改善超声结构异常胎儿的临床管理,

降低出生缺陷率.

目前临床实验室开展WGS的经验较少，高深度WGS(通常指测序深度〉30X)

在临床的应用仍处于早期阶段,对其在产前诊断中的应用缺乏统一的规范，因此

需要初步的指导意见，以保证实验数据的质量和准确性，提高检测的效率,缩短检

测周期，以满足产前诊断的特殊需求.由于WGS产生的数据几乎涵盖了全部的遗

传信息，检出的变异信息量庞大,数据的分析和解读也是极大的挑战.为更规范地

将WGS应用于产前诊断，针对上述问题，中华医学会医学遗传学分会细胞与基因

组学组、全基因组测序应用于产前诊断的专家讨论组通过查阅文献、收集意见形

成初稿，再经过反复讨论和修改达成本共识.对于意见不一致的问题，通过德尔菲

(Delphi)法进行投票达成.形成的推荐意见至少获得50%的赞同比例,且持反

对意见者的比例低于20%，至少获得70%的赞同比例为强推荐意见.针对以

短读长测序技术为主的高深度WGS,列出了其在产前检测及分析流程方面的基本

要求.

1产前分子诊断技术的特点

目前对于胎儿在宫内发育状况的评估指标较少,常规的超声等影像学检查与

血清学筛查等并不能真实反映胎儿的遗传学情况.产前诊断可以对高危妊娠进行

遗传学评估，但应尽量满足以下条件：

1.1时效性（检测时间）

快速检测的技术手段将更有意义，尽快获得检测结果将有助于临床快速决

策.

1.2全面性（检测范围）

由于常规的检测手段不足以反映胎儿的遗传学全貌，相较于多个技术平台的

序贯检测，一站式的全面检测方案更适合于产前诊断.

基于上述条件，目前可以采用的细胞及分子遗传检测技术平台的效率对比如

下（表1）：

染色体核型分析FISHQ-PCRCMA