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DynamicProgramming:SequencealignmentCS466SaurabhSinha
DNASequenceComparison:FirstSuccessStoryFindingsequencesimilaritieswithgenesofknownfunctionisacommonapproachtoinferanewlysequencedgene’sfunctionIn1984RussellDoolittleandcolleaguesfoundsimilaritiesbetweencancer-causinggeneandnormalgrowthfactor(PDGF)geneAnormalgrowthgeneswitchedonatthewrongtimecausescancer!
CysticFibrosisCysticfibrosis(CF)isachronicandfrequentlyfatalgeneticdiseaseofthebodysmucusglands.CFprimarilyaffectstherespiratorysystemsinchildren.SearchfortheCFgenewasnarrowedto~1Mbp,andtheregionwassequenced.Scannedadatabaseformatchestoknowngenes.AsegmentinthisregionmatchedthegeneforsomeATPbindingprotein(s).Theseproteinsarepartoftheiontransportchannel,andCFinvolvessweatsecretionswithabnormalsodiumcontent!
RoleforBioinformaticsGenesimilaritiesbetweentwogeneswithknownandunknownfunctionalertbiologiststosomepossibilitiesComputingasimilarityscorebetweentwogenestellshowlikelyitisthattheyhavesimilarfunctionsDynamicprogrammingisatechniqueforrevealingsimilaritiesbetweengenes
MotivatingDynamicProgramming
Dynamicprogrammingexample:
ManhattanTouristProblemImagineseekingapath(fromsourcetosink)totravel(onlyeastwardandsouthward)withthemostnumberofattractions(*)intheManhattangridSink***********Source*
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ManhattanTouristProblem
ManhattanTouristProblem:FormulationGoal:Findthelongestpathinaweightedgrid.Input:AweightedgridGwithtwodistinctvertices,onelabeled“source”andtheotherlabeled“sink”Output:AlongestpathinGfrom“source”to“sink”
MTP:AnExample32407333013244564655822501230123jcoordinateicoordinate
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