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生物信息学试卷（名词解释）

生物信息学:狭义的专指应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序

列及相关数据的学科，也称分子生物信息学。广义的是指生命科学与数学、计算机

科学和信息科学等交汇融合所形成的一门交叉学科。

生物信息学

广义:生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达;细胞、

组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。

狭义:生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。

算法(algorithm)是在有限步骤内求解某一问题所使用的一组定义明确的规则

笛卡尔积:在数学上把所有可能的配对组合叫“笛卡尔积”

序列比对:为评价相似性(similarity)的程度或同源性(homology)的可能,将两

个或更多的序列排列起来以得到最大一致性(identity)的过程

功能位点(functional

site):DNA序列中,除基因外,还包含其它信息，存放这些信息的DNA片段称为功能位

点

马尔科夫链(Markov

chain):是一种数学模型，是一种随机过程，马尔科夫链中的每一环表示系统的一

个状态，马尔科夫链实际上表示了系统状态的演化。

CpG岛:是一类长度在几百bp的DNA序列，其中CG核苷酸对出现的频率非常高

功能域:在核酸序列中,各种功能位点共存,协同作用,形成功能域

隐马尔科夫模型:包括两个集合，状态集合，字母表;还包括两个矩阵，状态转

移矩阵，字母释放矩阵

系统发生学(phylogenetics):亦称系统学,种系发生学,种系发生系统学，研究

生物群体之间的进化关系

系统发生树(phylogenetictree):也叫系统树,进化树(evolutionary

tree),生命树(treeof

life)。对物种之间的进化关系的一种描述,这些物种被认为有共同祖先

穷尽法:搜索整个空间(所有可能的树),然后根据评价标准选择一棵最优的树

分支约束方法:根据一定的约束条件将搜索空间限制在一定范围内

启发式或经验性方法:根据目前的搜索情况指导下一步的搜索方向,根据先验知

识或一定的指导性规则压缩搜索空间

基因组:一个细胞、细胞器或病毒中的所有DNA(或RNA)

功能基因组学:以解释基因组的功能及控制机制为目标

比较基因组学:将不同物种基因组进行比较

基因芯片(genechip):也叫DNA

chip或microarray(微阵列)，是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针

阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息

基因识别:是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识

别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，

也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。

数学模型(mathematicalmodel):是用数学语言来描述一个系统的抽象模型

差分方程也叫递归(recursion)