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用于鉴定控制基因转录物和产物水平的调节基因座的基于
作图的基因组开采方法
专利名称:用于鉴定控制基因转录物和产物水平的调节基因
座的基于作图的基因组开采方法
技术领域:
本发明涉及一种用于在任何生物体内鉴定控制基因表达的
调节基因座的方法。更具体地讲,本发明涉及利用mRNA转
录物和转录物水平的改变鉴定与一种生物体内需要的性状
相关的定量性状基因座。
背景技术:
在植物育种程序中,理想植物性状的筛选通常是基于一种或
多种表型性状的选择。不过,很多重要的农艺性状是复杂的,
并且受到环境的显著影响,受多基因控制,就是说一种表型
性状是由多个基因调节的,而不是由一个基因所调节的。在
受多基因或多个基因控制的性状中,在很多基因座上的等位
基因的表达可能产生感兴趣的表型。
业已多次证实,有很多基因不能根据发育或环境线索表达。
特别是在转基因生物中,对控制所述基因表达的因素的了解
是重要的,例如,导入一个外源基因以便控制其在发育、组
织或胁迫依赖型方式中的转录物水平。这种研究发现了存在
于基因表达中控制的复杂性和多级冗余性。基因表达的控制
机制在不同基因之间可能有很大差异(例如,参见Hirt
H.1999TrendsPlantSci.47-8)。在特定环境或发育条件下,
与特定过程相关的基因并非总是以类似方式作出反应,它们
也不是在相同的细胞类型或组织中积累,这表明它们能对不
同的控制或信号机制作出反应。
使用现有的技术难于从整个事件级联中筛选出控制感兴趣
的基因表达的关键调节基因。
业已用多种方法鉴定了差异表达的基因,如cDNA文库的差
异筛选,基因组测序与基因库中同源性筛选的组合,基因剔
除和互补,同源异型基因的突变,用高密度基因阵列对ESTs
进行高通量筛选。这些方法尽管烦琐,但是业已偶尔被用于
鉴定与基因表达调节相关的基因,不过,这些方法不是为了
这种目的而专门设计的。用于鉴定控制基因表达的因素的基
因剔除方法(突变体变异)适用于诸如拟南芥属的小型基因组。
这种技术同样是烦琐的,不特异的,并且通常会导致无法检
测或致死突变表现型。可以将诸如mRNA类型差异展示、扣
除或统一化文库以及基因排列的技术组合用于挑选调节基
因。不过,这种技术对于单一基因表达的分析没有特异性,
并且浪费时间。另外,对于这些技术来说,感兴趣的调节基
因的转录物必须存在于用于制备文库的样品中,以便鉴定该
转录物。当涉及到不同步表达的多个调节基因时,所述任务
就无法实现。
数量性状基因座(QTL)是基因组的一个区域,它编码一种或
多种蛋白,并且解释可能由多个基因控制的特定表型的变异
性的显著比例。通常,可以用一种或多种遗传标记鉴定需要
的QTL。迄今为止,植物物种的大多数QTL研究都是观察总
的形态学或农艺表型(例如,产量、抗病和抗胁迫性,开花
时间等)。例如,在WO2000/18963中,披露了包括与提高了
的产量相关的QTL的大豆植物,以及用于筛选和培育这种植
物的方法。该方法涉及能够与第二种核酸分子杂交的特殊标
记核酸的使用,该标记作图于大豆特定部分,并且与提高了
的产量相关。在US5,948,953中,在大豆植物中鉴定了与褐
茎腐病抗性(BSR)抗性相关的QTL。可以将与BSR抗性相关的
QTL用于通过标记协助的筛选来筛选植物。WO99/31964披露
了将与一组63个特定的基因座遗传连锁的标记核酸用于植
物筛选。所鉴定的多态性可用于DNA指纹分析,并用于对与
抗虫或抗病相关的基因或QTLs进行作图。若干最新QTL研
究业已揭示了特定代谢变化的数量变异之间的关系,包括代
谢物的积累或酶活性的改变。例如,Byrneetal(Byrne,
P.F.,McCulen,M.D.,Snook,M.E.,Musket,T.A.,
Theuri,J.M.,Widstrom,N.W.,Wiseman,B.R.和
E.H.Coe.1996.Proc.Natl.Acad.Sci.938820-8825)披露了
控制maysin——一种起着抗玉米穗虫的宿主植物抗性因子
作用的黄酮的浓度变异的58%的QTL的作图位置位于编码
类黄酮途径一部分的转录激活物的基因座上。Prioul
et.al.(Prioul,J.-L.,Quarrie,S.,Causse,M.andD.de
Vienne.1997.J.Exp.Bot.481151-1163;Prioul,J.-L.,
Pelleschi,S.,
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