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用户基本操作

.查看系统状态

$qnodes显示系统各节点状态

n2

state=free

np二23properties=oldntype=clusterstatus=

pus=249physmem=kb9availmem=kb,totmem=kbjdletime=,nusers=0,nsessions=0,uname=Linuxn23.10.0-327.3.Lel7lustre.x8664#1

SMPThuFeb1810:53:23PST2016x86_64,opsys=linux

mom_service_port=15002

mom_manager_port=15003

nl26

state=freenp=28

properties=new,tail

ntype=cluster

jobs=0/4/,2/,3/,4/status=

rectime=,varattr=jobs= ,state=free,netload=,gres=Joadave

=1.09,ncpus=28,physmem=kb,availmem=kb9totmem=kb,idletime=9nusers=1,nsessions=1,sessions=262005,uname=Linuxnl263.10.0-862.2.3.el7Justre.x86_64#1SMPTueMay2217:36:23UTC2018x86_64,opsys=linux

mom_service_port=15002

mom_manager_port=15003

如节点不可用，则会显示state=down,np=23是指当前计算节

点有23个核供调度使用

.查看作业状态

$qstat

JobIDNameUserTimeUseSQueue38.mgmttestadmin0Rbatch

JobID

Name

User

TimeUseSQueue

38.mgmt

test

admin

0Rbatch

“S”状态有R,Q,C,E等几种状态，R表示作业正在运行；Q表示申请的空闲资源不足，正在排队等候；C表示作业执行完毕;E表示作业执行异常(此状态可能保持时间比较短，很快就会变成C状态)。

.提交作业

qsub

qsub-q

qdelJOBID

或者搜索qsub作业脚本是当前目录下的一个文本文件，详细请参考0

4.作业模板

?fluent作业脚本示例

#PBS-1nodes=2:ppn=8

#PBS-V

#PBS-joe

cd$PBS_O_WORKDIR

NP=$(cat$PBS_NODEFILE|wc-1)

/opt/ansys_inc/v170/fluent/bin/fluent-g2d-t$NP-cnf=$PBS_NODEFILE-i

保存以上内容为文件，然后执行qsub,执行后会在HPC系统中申请2个计算节点，每个节点8核共16核进行启动fluent的并行计算,精度为2d,输入文件为，可以根据实际需求进行修改。

?matlab常规并行计算（单节点并行）

首先使用作业脚本申请一个节点，根据需求申请多少核，再启动matlab进行计算

#PBS-1nodes=l:ppn=24

#PBS-V

#PBS-joe

cd$PBS_O_WORKDIR

/opt/MATLAB/R2014b/bin/matlab-nodesktopmat-filel.m

注意.m文件开始并行计算前要启动并行池，如下代码样式（关键值，local”，24要和作业脚本中的ppn值相等）

clust=parcluster(€local5;

rkers=24;

pool=parpool(clust,24);

…开始计算

delete(pool);

exit;

?MPI作业示例

首先编译调试MPI程序（如my_mpi）,确定要执行的进程数（并行规模），以确定要申请的总核心数。

作业脚本

#PBS-1nodes=2:ppn=12

#PBS-NMyJob

#PBS-joe#PBS-V

cd$PBS_O_WORKDIR

NP=$(cat$PBS_NODEFILE|wc-1)

mpirun-machinefile=$PBS_NODEFILE./my_mpi

执行qsub即可提交作业

以上作业要求2个节点，每个节点12核共24核；可以根据

HPC集群具体资源数量写成-1nodes=l:ppn=24或者-1

node=3:ppn=8甚至-1nodes=