蛋白质测序技术革新崭露头角！未来或可如NGS般实现大规模、高通量.pdf

蛋白质测序技术革新崭露头角！未来或可如NGS般实现大规

模、高通量

蛋白质是生物功能的主要载体。许多无法从基因层面解释的疾病，

蛋白质可以给出我们想要的答案，为此，蛋白质组学应运而生。科学

家们预测，随着人类基因组测序工作的完成，21世纪生命科学的研究

重心或将从基因组学转移到蛋白质组学。蛋白质组学是后基因组时代

生命科学研究的核心内容，想要深入了解蛋白质，进一步认识生命活

动和疾病发生的分子机制，首先要有合适的蛋白质测序技术做支撑。

为完善蛋白质测序技术科学家做出了许多尝试，如Edman降解，荧光

染色、质谱测序等。然而已有的测序方法都存在各种技术不足与应用

局限性，不利于蛋白质组学在整个生命科学和生物医学研究中的应用

推广。

近日，瑞士苏黎世联邦理工学院分子生物学研究所的BenC

Collins博士和RuediAebersold博士在NatureBiotechnology发表

了蛋白组学平行测序的评论文章“Proteomicsgoesparallel”，小编

将文章进行了翻译整理分享给大家。

引言：肽的大规模平行测序可能预示着高通量蛋白质组学的新纪

元。

目前，蛋白质组测序技术尚不如基因组学和转录组学那么强大。

核酸测序技术的表现之所以令人印象深刻，是因为它能利用荧光作为

读数进行短寡核苷酸的大规模平行测序。在这个问题上，

Swaminathan等证明了肽类也可以进行平行荧光测序。他们的创新方

法将经典的蛋白质测序技术与核酸光学测序系统进行了整合。虽然该

方法仍需进一步优化，但这让我们看到了一种普遍可行、可靠和真正

通用的蛋白组学测序技术的发展前景。

蛋白质对于生命系统来说是必不可少的，它们可以作为化学催化

剂、结构成分以及生理过程的媒介，能够准确识别和量化蛋白质的研

究技术可极大地促进人们对生物学的理解。如今，蛋白质组已经可以

由转录组被预测或推断出来。有充分的研究证据表明，蛋白质与

mRNA水平之间的联系是复杂的，通过一种组学来预测另一种是不精

确、不可靠的。那么，为什么在许多情况下，人们会优先选择通过

mRNA预测蛋白，而不是直接进行蛋白质测序呢？答案在于两种组学

测序技术的发展和物质本身的可检测性。目前，生物学家可以通过已

有的核心技术和商业公司获得基本完整的转录组信息及分析结果，而

蛋白组分析仍只限于专业实验室研究使用，在通量、稳定性和重现性

方面还不能达到转录组分析水平。

第一代DNA测序仪绘制了具有突破性意义的基因组图谱，其原理

是对分离DNA片段进行连续测序。尽管该仪器采用了自动化技术，但

整个测序过程也是缓慢而昂贵的。只有开发可平行测序数百万个核酸

片段，能够高通量、高覆盖率、低成本生成完整基因组图谱的方法，

才能进行广泛的基因组分析。这些具有商业价值的测序技术已经改变

了生物医学研究，并成为实验生物学研究的中流砥柱。

虽然“自上而下”的蛋白质组学研究方法正在逐步发展，但传统

的蛋白质定量和测序仍是采用“自下而上”的方法进行。正如基因测

序原理一样，这些方法是通过检测酶促反应切割蛋白质产生的肽链，

以分析蛋白组成。在20世纪50年代，PehrEdman发明了一种通过

循环化学反应测定肽链氨基酸序列的方法，被称为Edman降解。该方

法通过异硫氰酸苯酯与可接近的氨基偶联，然后从肽链的N-末端释放

氨基酸并生成新N端，不断重复这一过程，对释放的氨基酸进行鉴定

就可以得到肽链的氨基酸序列。Edman降解过程缓慢，需要大量的高

纯度肽，尽管如此，直到20世纪90年代早期，所有已知的蛋白质序

列都是使用该方法确定的。

20世纪90年代，随着质谱（MS）技术逐渐成为蛋白质测序的首

选方法，Edman降解在该领域退居二线。质谱是通过检测质荷比和肽

段的断裂模式来推断蛋白质组成和定量。因具有先进、强大和多样化

特点，MS已经被广泛应用。仿效基因组学技术的发展路径，MS