新生儿HSC个体发育的单细胞测序揭示了出生前开始的渐进和不协调的转录重编程.pdfVIP

新生儿HSC个体发育的单细胞测序揭示了出生前

开始的渐进和不协调的转录重编程

导读

胎儿和成人造血干细胞（HSCs）具有不同的增殖率、谱系偏向、基因表达谱和基因依赖性。虽然这些

差异得到了广泛的认可，但尚不清楚从胎儿身份到成人身份的转变是如何协调的。本研究通过对胚胎

（E）16.5天、出生后（P）7天、P14天和出生后8周收集的造血干细胞和造血干细胞进行了scRNA-seq

和ATAC-seq测序，表明小鼠造血干细胞和承诺的造血祖细胞（HPC）经历了一个渐进的，从胎儿到成

人转录状态的转变。这一转变在出生前就开始了，并被I型干扰素信号的晚期产前峰值所打断，I型

干扰素信号促进了围产期HPC的扩张，并使祖细胞对导致白血病的FLT3ITD突变敏感。基因表达和增

强子激活的大多数其他变化的时间不精确，协调不佳。因此，异时增强子元件及其相关的转录本相互

独立地被激活，而不是作为强健网络的一部分。这简化了指导新生儿HSC/HPC个体发育的调控程序，

但它在这些人群中造成了异质性。

实验设计

结果

1新生儿造血干细胞和造血干细胞经历从胎儿到成人的渐进、同步的转录

状态转换

为了测试从胎儿身份到成人身份的转变是渐进的还是双模式的，研究者对人胚胎日（E）

16.5天、出生后（P）7天、P14天和出生后8周收集的造血干细胞和造血干细胞进行了scRNA-seq

（图1A）。研究者预计，如果过渡是双模的，P7和P14的祖细胞将与胎儿或成年祖细胞聚集

在一起，如果过渡是渐进的，它们将单独聚集（图1B）。使用Seurat对细胞进行聚类，并使

用t分布随机邻居嵌入（t-SNE）进行可视化（图1C和1D）。胚胎、出生后和成人的造血干

细胞结合成三个独立的簇（图1C和1D），这些模式与分级过渡最为一致。为了更好地量化P7

和P14祖细胞与胎儿或成年祖细胞相似的程度，使用二次编程为每个细胞分配成人身份分数。

I型干扰素靶标的成人身份基因显著富集。在以前的研究中或在本研究的移植试验中，许多胎

儿识别基因促进了自我更新。当使用精选的列表来计算每个细胞的成人身份分数时，研究者发

现在每个年龄段，造血干细胞和造血干细胞比之前年龄段的细胞更像成人，而不像胎儿（图

1E-1H）。接下来，测试了非监督分析是否会类似地揭示HSC/HPC身份的渐进性、线性变化。

使用完整的表达基因列表。接下来，根据每个细胞的同一性分数计算每个基因的预测表达值，

并测量实际基因表达与预测值的差异程度。研究者确定了两组主要的基因，一组随着时间的推

移高度可变，并驱动成人身份评分的变化，另一组相对静态。从每组中随机选择214个基因

（HSC）或115个基因（HPC），以匹配非随机选择的基因集的大小。然后，计算成人认同感得

分，并重复这个过程100次，平均得分。观察到随着时间的推移逐渐向成人的造血干细胞转变，

特别是当高度可变的基因时。使用迭代聚类和引导基因选择来执行对胎儿、新生儿和成人造血

干细胞基因表达的非监督分析。ICGS应该捕获瞬时表达的基因簇，但造血干细胞没有根据年

龄进行聚类。相反，聚类是由与DNA复制和细胞分裂相关的基因的表达（图1J，簇1、2和4）

和I型干扰素目标基因的表达（簇3）来指导的。这种集群模式反对从胎儿身份到成人身份的

离散转变。它确实暗示I型干扰素信号是一个潜在的时间调节因子。基因表达的变化与HSC增

殖的逐渐下降相一致（图1K）。总之，数据显示造血干细胞经历了一个渐进的、持续的从胎

儿到成人转录状态的转换，而不是突然的双模式转换。这提出了一个问题，即如何协调和把握

这样的过渡时间。

图1.从胎儿到成人HSC/HPC身份的转变是渐进的。（A）scRNA-seq实验概述。（B）scRNA-seq可以解决从

同步、分级过渡到异步、双模过渡。（C和D）出生后的HSCs/HPC分别来自胎儿和成人的HSCs/HPC。（E-H）

HSCs（E和F）和HPCs（G和H）的成人认同感得分。（I）根据从表现出低或高变异性的群体中随机选择的基

因，对成人身份进行评分。（J）对HSC单链RNA-序列时间进程的ICGS分析。热图显示了四个细胞簇，右侧

显示了对引导基因的反应组路分析。（K）在指定年龄的HSC中24小时掺入BrdU。