脂质数据库及软件介绍.pdfVIP

前面两期我们介绍了脂质组学的简介，脂质组学在植物中的应用

方向，这一期我们讲一下，脂质组学常用的数据库及软件。

脂质组学（lipidomics）主要是研究生物体、组织或细胞受刺激

或扰动后，脂质种类、亚种类或单个脂质分子变化的一门科学。脂质

可以调节细胞生长、分化、衰老、死亡，影响包括肿瘤在内的诸多各

类疾病的发生发展，另外和其他组学结合，能更完整阐明疾病在各个

层面的变化。目前，脂质组学已成为代谢组学较重要的分支之一，且

是一个非常活跃的研究领域。

脂质根据化学结构的不同，可分为八大类：脂肪酸类（Fatty

Acyls），甘油脂类（Glycerolipids），甘油磷脂类

（Glycerophospholipids），鞘脂类（Sphingolipids），固醇类（Sterol

Lipids），异戊烯醇类（PrenolLipids），糖酯类（Saccharolipids），

多聚乙烯类（Polyketides）。总的来说，脂类具有数目众多、结构

多样的特点，这就给脂质组分析带来了一定的难度。

为了便于脂质的研究，许多研究机构开发了脂质数据库及相应的

数据分析软件，下面就简单介绍一下常见的几种。

1.LIPIDMAPS[1]

LIPIDMAPS是由美国国立卫生院（NationalInstitutesof

Health，NIH）基于“脂质代谢途径研究计划”设立的脂质组学门

户网站，涵盖目前较权威的脂类分类、命名法和结构信息，有4万+

脂质化合物。此外它不仅仅是一个脂质数据库，还包含九大模块：Bulk

SearchesforMSData，Tutorials，LipidomicsAnalysisSoftware，

MassSpectrometryTools，LipidStructureDrawingTools，

StatisticalAnalysesTools，StructureDatabase(LMSD)and

ClassificationSystem，Gene/ProteinDatabase(LMPD)，

LipidomicsExperimentalData。一方面可以进行脂质化合物信息

的检索及下载；另一方面还提供了一些生物信息学分析工具，比如基

于质谱的脂质定性工具，通过给定特定的m/z或二级谱图等信息，

可以预测可能的脂质分子等等。对于脂质组学初学者，LIPIDMAPS

是一个非常好的学习平台。

2.LipidIMMSAnalyzer[2]

离子淌度质谱（IM-MS）在脂质组学领域显示出巨大的应用潜

力，但是，基于IM-MS的脂质组学受到脂质结构鉴定软件的极大限

制。国内朱正江课题组提供的自动化数据处理和脂质鉴定的开源软件

LipidIMMSAnalyzer，可以处理多种类型的基于IM-MS的质谱数

据。该软件首次整合了涵盖260,000多种脂质的大规模数据库，以

及每种脂质的三维结构信息（即精确质量数m/z，保留时间（RT），

碰撞截面（CCS）和MS/MS光谱），多维信息可以轻松集成以支

持脂质鉴定，并显着提高鉴定的覆盖率和置信度。用户只需导入MS1

峰表和MS/MS数据文件即可进行分析，该软件支持不同的IM-MS

仪器和数据采集方法，其简单易操作的可视化界面可以帮助小伙伴快

速入门脂质组学。

3.MSDIAL[3]

MS-DIAL是由美国加州大学戴维斯分校的OliverFiehn教授团

队和RIKENCSRS（和NIG）的MasanoriArita