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如何准备MEGA建树文件上传Treebase网站

很多人对如何上传Mega软件建树文件到Treebase网站很迷茫，担心自己上传的

资料有问题。对需要上传什么样的文件有疑问。

本教程教大家如何准备Mega建树的文件用于上传Treebase网站。

首先准备NEXUS文件：

1.将建树准备的fasta序列文件用Mega软件进行alignment（注：建议在准备fasta

文件的时候就把序列标签名整理规范，序列标签名中不能有空格，不能有点

“.”，不能有冒号“：”等，所有这些符号都要用下横杠“_”代替（英文输入法状

态下长按Shift不松，再按键盘上数字0右边的横杠键，就能打出下横杠）。

总结一句话就是：序列标签名中不能有除“_”以外的特殊符号和空格）。见下

图：

2.将步骤1中Mega软件打开的fasta格式的序列文件进行alignment。

3.Alignment后需要保存成meg格式的建树文件，具体操作是：点击Mega软件

的工具栏上的“Date”选项，再选择该选项下的“ExportAlignment”，再选择

“MEGAFormat”，这样就可以保存成meg格式的建树文件了，接下来就可以

用这个meg格式的文件采用Mega软件建树了。

4.除了保存成meg格式外，我们还需要将alignment文件保存成nexus格式以备

后续上传treebase使用（注：这个nexus文件很重要）。

5.用Mega软件打开步骤3中保存的meg建树文件进行建树，建树完成后需要

把系统树保存成nwk格式的系统树（注：保存成nwk格式的这个步骤也很重

要；切记建树前一定要将每条序列的标签名的格式修改正确了，即所有空格

和特殊符号均用下横杠代替，且下横杠也不能连续，比如“Csmyb__wpl”就不

符合要求，因为多了一个下横杠，需要修改为“Csmyb_wpl”；如果格式不正

确的话后续采用mesquite软件打开时会出现错误。）

6.在获得了nexus和nwk格式的两个文件后，我们接下来就可以采用mesquite

软件进行操作了。

7.使用电脑的浏览器搜索并下载mesquite软件。

8.安装mesquite后，找到名为“mesquite.exe”的文件就可以打开该软件了（注：

如果打不开的话，需要安装Java后就可以运行了）。

9.打开mesquite软件后，点击“File”，再点击“OpenFile”，先打开Nexus文件（注：

这一步如果出现打开错误的话，你需要重新检查你alignment时mege软件上

的每条序列的标签名是否修改合格了，再次强调不能有空格等，一定要用下

横杠）。

10.打开nexus文件后会出现我们的alignment序列文件，如下图。

11.接下来点击工具栏中的“File”，再点击“IncludeFile”，选择我们以前保存的

那个nwk格式的树文件进行打开，打开nwk文件的过程会出现如下图的界面。

12.此时，我们选择上图中的“SimpleNewick/PhylipTreefile”，然后点击ok，这时

会出现如下图的界面

13.此时，我们选择上图中的“Bootstrapfrequency”再点击OK，这时我们会看到

下图中会出现一个系统树的形状的图标，见下图红色圈出来的图标。

14.我们点击上图中的红色圈出的分枝图标，再选择“ViewTrees”就会出现一棵系

统发育树，见下图

15.然后我们需要核查一下树形看是否与我们原来的树一样，之后就可以保存成

nexus文件进行Treebase上传了，点击工具栏下的“File”，再点击“SaveFile

AS”，就可以保存成nexus格式的文件了。

16.将步骤15中的nexus文件上传Treebase（注：大家可以先上传，暂时先获得

一个treebase的号用于文章内，等文章审稿完毕或接收后再最后更新自己的

上传文件。这样做的好处是以免审稿人让我们修改系统树，如果你在修改系

统树之前就最终提交了的话那么后续就无法再修改了）。